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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3akm
タイトルX-ray structure of iFABP from human and rat with bound fluorescent fatty acid analogue
要素Fatty acid-binding protein, intestinal
キーワードTRANSPORT PROTEIN / beta barrel / ligand complex / fatty acid binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


intestinal lipid absorption / apical cortex / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / microvillus / fatty acid transport / fatty acid binding / fatty acid metabolic process / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fatty acid-binding protein, intestinal / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-11D / Fatty acid-binding protein, intestinal
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wielens, J. / Laguerre, A.J.K. / Parker, M.W. / Scanlon, M.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures of human and rat intestinal fatty acid binding proteins in complex with 11-(Dansylamino)undecanoic acid
著者: Laguerre, A.J.K. / Wielens, J. / Parker, M.W. / Porter, C.J. / Scanlon, M.J.
履歴
登録2010年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, intestinal
B: Fatty acid-binding protein, intestinal
C: Fatty acid-binding protein, intestinal
D: Fatty acid-binding protein, intestinal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,22812
ポリマ－60,3924
非ポリマー1,8368
水1,910106
1
A: Fatty acid-binding protein, intestinal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5573
ポリマ－15,0981
非ポリマー4592
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fatty acid-binding protein, intestinal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5573
ポリマ－15,0981
非ポリマー4592
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Fatty acid-binding protein, intestinal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5573
ポリマ－15,0981
非ポリマー4592
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Fatty acid-binding protein, intestinal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5573
ポリマ－15,0981
非ポリマー4592
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.020, 79.011, 63.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Fatty acid-binding protein, intestinal / Intestinal-type fatty acid-binding protein / I-FABP / Fatty acid-binding protein 2


分子量: 15098.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET45b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P12104
#2: 化合物
ChemComp-11D / 11-({[5-(dimethylamino)naphthalen-1-yl]sulfonyl}amino)undecanoic acid / 11-(Dansylamino)undecanoic acid


分子量: 434.592 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H34N2O4S
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30-34% w/v PEG 4000, 0.2M Magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: silicon 1 1 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50.8 Å / Num. all: 39532 / Num. obs: 39319 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 5728 / Rsym value: 0.57 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IFB

3ifb


解像度: 1.9→33.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27909 1968 5 %RANDOM
Rwork0.22599 37329 --
obs0.22866 37329 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 52.53 Å2 / Biso mean: 21.477 Å2 / Biso min: 7.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.33 Å20 Å20 Å2
2---1.11 Å20 Å2
3---2.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4233 0 124 106 4463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0224421
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7221.975937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8085520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.69524.821224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.87215809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.911528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9791.52576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7524148
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.59231845
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9944.51789
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 141 -
Rwork0.293 2763 -
all-2904 -
obs--99.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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