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- PDB-3ifb: NMR STUDY OF HUMAN INTESTINAL FATTY ACID BINDING PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ifb
タイトルNMR STUDY OF HUMAN INTESTINAL FATTY ACID BINDING PROTEIN
要素INTESTINAL FATTY ACID BINDING PROTEIN
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / FATTY ACID BINDING PROTEIN / INTRACELLULAR LIPID BINDING PROTEIN / FATTY ACID BINDING / SINGLE BASE POLYMORPHISM
機能・相同性
機能・相同性情報


intestinal lipid absorption / apical cortex / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / microvillus / fatty acid transport / fatty acid binding / fatty acid metabolic process / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fatty acid-binding protein, intestinal / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid-binding protein, intestinal
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Zhang, F. / Luecke, C. / Baier, L.J. / Sacchettini, J.C. / Hamilton, J.A.
引用
ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1997
タイトル: Solution structure of human intestinal fatty acid binding protein: implications for ligand entry and exit.
著者: Zhang, F. / Lucke, C. / Baier, L.J. / Sacchettini, J.C. / Hamilton, J.A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: A Polymorphism in the Human Intestinal Fatty Acid Binding Protein Alters Fatty Acid Transport Across Caco-2 Cells
著者: Baier, L.J. / Bogardus, C. / Sacchettini, J.C.
#2: ジャーナル: J.Clin.Invest. / 年: 1995
タイトル: An Amino Acid Substitution in the Human Intestinal Fatty Acid Binding Protein is Associated with Increased Fatty Acid Binding, Increased Fat Oxidation, and Insulin Resistance
著者: Baier, L.J. / Sacchettini, J.C. / Knowler, W.C. / Eads, J. / Paolisso, G. / Tataranni, P.A. / Mochizuki, H. / Bennet, P.H. / Bogardus, C. / Prochazka, M.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: Refinement of the Structure of Recombinant Rat Intestinal Fatty Acid-Binding Apoprotein at 1.2-Angstroms Resolution
著者: Scapin, G. / Gordon, J.I. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録1998年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTESTINAL FATTY ACID BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0981
ポリマ－15,0981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50LOWEST VIOLATION OF EXPERIMENTAL DISTANCE CONSTRAINTS
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 INTESTINAL FATTY ACID BINDING PROTEIN / I-FABP


分子量: 15098.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PH 6.5, 310K, HOLO PROTEIN / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: BL21 (DE3) / 組織: PROXIMAL SMALL INTESTINE / Cell: EPITHELIAL CELLS / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: FABP2 / 器官: INTESTINE / プラスミド: PET-3D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P12104

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: HMQC
NMR実験の詳細Text: SET OF 10 ENERGY-MINIMIZED NMR STRUCTURES 20MM PHOSPHATE BUFFER

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 温度: 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
SYBYL6.2TRIPOS INC.精密化
DIANA構造決定
SYBYL構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: RESTRAINED SIMULATED ANNEALING AND ENERGY MINIMIZATION
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST VIOLATION OF EXPERIMENTAL DISTANCE CONSTRAINTS
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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