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- PDB-3hwj: Crystal structure of the second PHR domain of Mouse Myc-binding p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hwj
タイトルCrystal structure of the second PHR domain of Mouse Myc-binding protein 2 (MYCBP-2)
要素E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2
キーワードLIGASE / Myc-binding protein 2 / MYCBP2 / PHR proteins / PHR domain / Probable E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2 / Protein Associated with Myc / PAM / Phr1 / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / Alternative splicing / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription / Transcription regulation / Ubl conjugation pathway / Zinc / Zinc-finger / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


RCR-type E3 ubiquitin transferase / regulation of axon guidance / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / branchiomotor neuron axon guidance / central nervous system projection neuron axonogenesis / motor neuron axon guidance / neuromuscular process / regulation of cytoskeleton organization / protein K48-linked ubiquitination / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...RCR-type E3 ubiquitin transferase / regulation of axon guidance / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / branchiomotor neuron axon guidance / central nervous system projection neuron axonogenesis / motor neuron axon guidance / neuromuscular process / regulation of cytoskeleton organization / protein K48-linked ubiquitination / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of protein ubiquitination / circadian regulation of gene expression / negative regulation of protein catabolic process / small GTPase binding / ubiquitin protein ligase activity / regulation of protein localization / microtubule cytoskeleton / protein ubiquitination / axon / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
PHR domain / PHR / PHR domain superfamily / PHR domain / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / APC10/DOC domain ...PHR domain / PHR / PHR domain superfamily / PHR domain / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / Ring finger / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Immunoglobulin E-set / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Ozyurt, S.A. / Wasserman, S.R. / Miller, S.A. / Bain, K.T. / Rutter, M.E. / Gheyi, T. / Klemke, R.L. / Atwell, S. / Sauder, J.M. ...Sampathkumar, P. / Ozyurt, S.A. / Wasserman, S.R. / Miller, S.A. / Bain, K.T. / Rutter, M.E. / Gheyi, T. / Klemke, R.L. / Atwell, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structures of PHR domains from Mus musculus Phr1 (Mycbp2) explain the loss-of-function mutation (Gly1092-->Glu) of the C. elegans ortholog RPM-1.
著者: Sampathkumar, P. / Ozyurt, S.A. / Miller, S.A. / Bain, K.T. / Rutter, M.E. / Gheyi, T. / Abrams, B. / Wang, Y. / Atwell, S. / Luz, J.G. / Thompson, D.A. / Wasserman, S.R. / Emtage, J.S. / ...著者: Sampathkumar, P. / Ozyurt, S.A. / Miller, S.A. / Bain, K.T. / Rutter, M.E. / Gheyi, T. / Abrams, B. / Wang, Y. / Atwell, S. / Luz, J.G. / Thompson, D.A. / Wasserman, S.R. / Emtage, J.S. / Park, E.C. / Rongo, C. / Jin, Y. / Klemke, R.L. / Sauder, J.M. / Burley, S.K.
履歴
登録2009年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62023年12月27日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.72024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2
B: E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1815
ポリマ－37,9472
非ポリマー2343
水2,234124
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0522
ポリマ－18,9741
非ポリマー781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1303
ポリマ－18,9741
非ポリマー1562
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.877, 99.922, 83.054
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2 / Myc-binding protein 2 / MYCBP-2 / Protein associated with Myc / Pam/highwire/rpm-1 protein


分子量: 18973.525 Da / 分子数: 2 / 断片: Second PHR domain: UNP Q7TPH6 residues 1685-1845 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mycbp2, Pam, Phr1 / プラスミド: BC-PSGX3 (BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Codon+RIL
参照: UniProt: Q7TPH6, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ONLY THE A CONFORMER FORMS A DISULFIDE BOND.
Has protein modificationY
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THE PRESENCE OF ARG IS CONFIRMED BY THE ELECTRON DENSITY MAPS. ALSO MOST ...THE AUTHORS STATE THAT THE PRESENCE OF ARG IS CONFIRMED BY THE ELECTRON DENSITY MAPS. ALSO MOST OTHER PAM HOMOLOGUES LIKE HUMAN, DOG, CHICKEN, FISH, ETC. HAVE AN ARG AT THIS POSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2000mM DL Malic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月13日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→42.8 Å / Num. obs: 18914 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 32.59 Å2 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 2732 / Rsym value: 0.643 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Poly ala based on the PDB Code 3GBW

3gbw


解像度: 2.25→31.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.639 / SU ML: 0.167 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 972 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.201 18890 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.17 Å2 / Biso mean: 43.016 Å2 / Biso min: 12.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→31.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2303 0 12 132 2447
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222365
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7151.9483227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9673.0023773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1515312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.51823.654104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.77315358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6411518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02497
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.21629
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.21126
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21368
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0450.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2530.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2650.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0560.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.171.51544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2131.5631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80322443
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5223936
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8424.5779
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 81 -
Rwork0.239 1303 -
all-1384 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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