PDB-1yiv: Structure of myelin P2 protein from Equine spinal cord

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yiv

タイトル

Structure of myelin P2 protein from Equine spinal cord

要素

Myelin P2 protein

キーワード

LIPID TRANSPORT / P2 Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acid transport / fatty acid binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Hunter, D.J.B. / MacMaster, R. / Rozak, A.W. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Grifiths, I.R. / Freer, A.A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of myelin P2 protein from equine spinal cord.
著者: Hunter, D.J. / Macmaster, R. / Roszak, A.W. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Griffiths, I.R. / Freer, A.A.

履歴

登録	2005年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yiv.cif.gz	42.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yiv.ent.gz	28.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yiv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/1yiv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/1yiv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pmpS 1cbq 1crb S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1lie-d 5n4q-d 4a1h-3 3akm-1 1hmt-d 4i3c-2 3wbg-4 5n4m-d 1fe3-d 6xuw-d 6ew5-2 3pp6-3 6xvq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Myelin P2 protein

ヘテロ分子

15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.846, 45.846, 125.778
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Myelin P2 protein 分子量: 14486.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 組織: spinal cord / 参照: UniProt: P0C6G6
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₁NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 100mM HEPES, 20%w/v PEG 4000, 15%v/v 2-propanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PMP

1pmp

解像度: 2.1→41.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 12.415 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23332	414	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18617	-	-	-
obs	0.18845	8255	91.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.642 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.67 Å²	0.84 Å²	0 Å²
2-	-	1.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1014	0	31	102	1147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.855	1.992	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.918	3	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.74	5	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.281	25	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.469	15	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.951	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	192
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	962
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	467
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	686
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.252	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.092	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.084	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.288	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.021	1.5	845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.217	1.5	273
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.219	2	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.364	3	475
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.429	4.5	370

LS精密化シェル

解像度: 2.102→2.156 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	15	-
R_work	0.235	451	-
obs	-	-	67.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -4.208 Å / Origin y: 14.664 Å / Origin z: 11.005 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.2802 Å²	0.0327 Å²	0.0196 Å²	-	-0.3203 Å²	-0.0082 Å²	-	-	-0.1499 Å²
L	2.8188 °²	0.3385 °²	-0.1809 °²	-	2.9868 °²	0.8613 °²	-	-	1.7381 °²
S	0.0804 Å °	0.1041 Å °	0.3565 Å °	0.1023 Å °	-0.1056 Å °	0.0296 Å °	-0.1262 Å °	-0.1039 Å °	0.0252 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 27	1 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	28 - 56	28 - 56
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	57 - 83	57 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	84 - 111	84 - 111
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	112 - 131	112 - 131

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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