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万見
- PDB-1pmp: CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES ON A FAMILY OF CELLULAR LIPOPHILIC TRANS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pmp
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC STUDIES ON A FAMILY OF CELLULAR LIPOPHILIC TRANSPORT PROTEINS. REFINEMENT OF P2 MYELIN PROTEIN AND THE STRUCTURE DETERMINATION AND REFINEMENT OF CELLULAR RETINOL-BINDING PROTEIN IN COMPLEX WITH ALL-TRANS-RETINOL
要素P2 MYELIN PROTEIN
キーワードCELLULAR LIPOPHILIC TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane organization / cholesterol binding / fatty acid transport / fatty acid binding / myelin sheath / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Myelin P2 protein / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / Myelin P2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Cowan, S.W. / Newcomer, M.E. / Jones, T.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallographic studies on a family of cellular lipophilic transport proteins. Refinement of P2 myelin protein and the structure determination and refinement of cellular retinol- ...タイトル: Crystallographic studies on a family of cellular lipophilic transport proteins. Refinement of P2 myelin protein and the structure determination and refinement of cellular retinol-binding protein in complex with all-trans-retinol.
著者: Cowan, S.W. / Newcomer, M.E. / Jones, T.A.
履歴
登録1993年2月10日処理サイト: BNL
改定 1.01995年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P2 MYELIN PROTEIN
B: P2 MYELIN PROTEIN
C: P2 MYELIN PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3776
ポリマ－44,5303
非ポリマー8473
水27015
1
A: P2 MYELIN PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1262
ポリマ－14,8431
非ポリマー2821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: P2 MYELIN PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1262
ポリマ－14,8431
非ポリマー2821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: P2 MYELIN PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1262
ポリマ－14,8431
非ポリマー2821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.800, 99.500, 56.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 P2 MYELIN PROTEIN


分子量: 14843.245 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02690
#2: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID


分子量: 282.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.54 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bergfors, T., (1987) J. Mol. Biol., 198, 357.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mMMES/Tris buffer1drop
215 mg/mlP21drop
320 %PEG40001drop
420 %PEG1reservoir
520 mMMES/Tris1reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 11665 / Num. measured all: 85809 / Rmerge(I) obs: 0.085

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.7→7.5 Å / Rfactor Rwork: 0.268 / Rfactor obs: 0.268 / σ(F): 0
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→7.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3117 0 60 15 3192
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 0.022

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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