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万見
- PDB-4a1y: Human myelin P2 protein, K65Q mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a1y
タイトルHuman myelin P2 protein, K65Q mutant
要素MYELIN P2 PROTEIN
キーワードTRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane organization / cholesterol binding / fatty acid transport / fatty acid binding / myelin sheath / extracellular exosome / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Myelin P2 protein / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Myelin P2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Lehtimaki, M. / Kursula, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure-Function Relationships in the Myelin Peripheral Membrane Protein P2
著者: Lehtimaki, M. / Kursula, P.
履歴
登録2011年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22020年4月8日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYELIN P2 PROTEIN
B: MYELIN P2 PROTEIN
C: MYELIN P2 PROTEIN
D: MYELIN P2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,09411
ポリマ－59,9624
非ポリマー1,1327
水17,240957
1
A: MYELIN P2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2823
ポリマ－14,9901
非ポリマー2922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MYELIN P2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2472
ポリマ－14,9901
非ポリマー2561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: MYELIN P2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2823
ポリマ－14,9901
非ポリマー2922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: MYELIN P2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2823
ポリマ－14,9901
非ポリマー2922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.030, 83.030, 77.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質
MYELIN P2 PROTEIN / PERIPHERAL MYELIN PROTEIN 2


分子量: 14990.419 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PTH27 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P02689
#2: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 957 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 66 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 66 TO GLN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 66 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 66 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LYS 66 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LYS 66 TO GLN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.07 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.03317
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
111.000H, 1.000K, L10.609
111.000K, 1.000H, -L20.391
反射解像度: 1.2→20 Å / Num. obs: 154219 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.2→1.23 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 63.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WUT

2wut


解像度: 1.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 1.508 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.008 / ESU R Free: 0.008 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15382 1809 1.2 %RANDOM
Rwork0.13117 ---
obs0.13145 152369 93.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.485 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.15 Å20 Å20 Å2
2--8.15 Å20 Å2
3----16.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4192 0 75 957 5224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224773
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023434
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.9766432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79938484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0525623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.52525.079189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.80115996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.821528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2723
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02908
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.20222919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.56721202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.28344792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.98661854
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.81981640
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.5638207
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.201→1.232 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 84 -
Rwork0.249 7450 -
obs--62.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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