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- PDB-3a4u: Crystal structure of MCFD2 in complex with carbohydrate recogniti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a4u
タイトルCrystal structure of MCFD2 in complex with carbohydrate recognition domain of ERGIC-53
要素
  • Multiple coagulation factor deficiency protein 2
  • Protein ERGIC-53
キーワードPROTEIN TRANSPORT / LECTIN / ERGIC / ER / GOLGI / TRANSPORT / Disulfide bond / Endoplasmic reticulum / ER-Golgi transport / Golgi apparatus / Membrane / Transmembrane / Disease mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport to the Golgi and subsequent modification / positive regulation of organelle organization / negative regulation of protein targeting to mitochondrion / Cargo concentration in the ER / endoplasmic reticulum organization / RHOD GTPase cycle / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Golgi organization / RHOC GTPase cycle ...Transport to the Golgi and subsequent modification / positive regulation of organelle organization / negative regulation of protein targeting to mitochondrion / Cargo concentration in the ER / endoplasmic reticulum organization / RHOD GTPase cycle / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Golgi organization / RHOC GTPase cycle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / D-mannose binding / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / sarcomere / ER to Golgi transport vesicle membrane / blood coagulation / unfolded protein binding / protein transport / protein folding / : / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Legume-like lectin / : / Legume-like lectin family / L-type lectin-like (leguminous) domain profile. / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Jelly Rolls - #200 / EF-hand domain pair / EF-Hand 1, calcium-binding site ...: / Legume-like lectin / : / Legume-like lectin family / L-type lectin-like (leguminous) domain profile. / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Jelly Rolls - #200 / EF-hand domain pair / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein ERGIC-53 / Multiple coagulation factor deficiency protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Nishio, M. / Kamiya, Y. / Mizushima, T. / Wakatsuki, S. / Sasakawa, H. / Yamamoto, K. / Uchiyama, S. / Noda, M. / McKay, A.R. / Fukui, K. ...Nishio, M. / Kamiya, Y. / Mizushima, T. / Wakatsuki, S. / Sasakawa, H. / Yamamoto, K. / Uchiyama, S. / Noda, M. / McKay, A.R. / Fukui, K. / Hauri, H.P. / Kato, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the cooperative interplay between the two causative gene products of combined factor V and factor VIII deficiency.
著者: Nishio, M. / Kamiya, Y. / Mizushima, T. / Wakatsuki, S. / Sasakawa, H. / Yamamoto, K. / Uchiyama, S. / Noda, M. / McKay, A.R. / Fukui, K. / Hauri, H.P. / Kato, K.
履歴
登録2009年7月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein ERGIC-53
B: Multiple coagulation factor deficiency protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,88510
ポリマ－44,3562
非ポリマー5298
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area13430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.410, 59.410, 198.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Protein ERGIC-53 / ER-Golgi intermediate compartment 53 kDa protein / Lectin mannose-binding 1 / Gp58 / Intracellular ...ER-Golgi intermediate compartment 53 kDa protein / Lectin mannose-binding 1 / Gp58 / Intracellular mannose-specific lectin MR60


分子量: 28039.068 Da / 分子数: 1 / 断片: Carbohydrate Recognition Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LMAN1, ERGIC53, F5F8D / プラスミド: pCold3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon plus / 参照: UniProt: P49257
#2: タンパク質 Multiple coagulation factor deficiency protein 2 / MCFD2 / Neural stem cell-derived neuronal survival protein


分子量: 16316.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCFD2, SDNSF / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon plus / 参照: UniProt: Q8NI22
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M sodium tartrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月13日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→49.81 Å / Num. obs: 36530 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 19.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.188 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.84→1.94 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.257 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 5229 / Rsym value: 0.188 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R1Z

1r1z


解像度: 1.84→49.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.975 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20042 1822 5 %RANDOM
Rwork0.18764 ---
obs0.18828 34626 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.197 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→49.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2315 0 28 189 2532
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222393
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0861.9333237
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.925290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.13324.882127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.43115372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8261511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021874
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.21039
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21601
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0990.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.070.216
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6441.51487
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10122318
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.45131034
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2874.5919
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.838→1.886 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 132 -
Rwork0.231 2469 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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