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Yorodumi- PDB-4ygd: Crystal structure of ERGIC-53/MCFD2, monoclinic calcium-bound form 2 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ygd | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of ERGIC-53/MCFD2, monoclinic calcium-bound form 2 | ||||||||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN TRANSPORT / BETA-SANDWICH / EF-HAND / CARGO RECEPTOR / CALCIUM BINDING / ER / ERGIC | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information Transport to the Golgi and subsequent modification / positive regulation of organelle organization / negative regulation of protein targeting to mitochondrion / Cargo concentration in the ER / RHOD GTPase cycle / endoplasmic reticulum organization / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / RHOC GTPase cycle / Golgi organization ...Transport to the Golgi and subsequent modification / positive regulation of organelle organization / negative regulation of protein targeting to mitochondrion / Cargo concentration in the ER / RHOD GTPase cycle / endoplasmic reticulum organization / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / RHOC GTPase cycle / Golgi organization / mannose binding / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / sarcomere / ER to Golgi transport vesicle membrane / unfolded protein binding / blood coagulation / protein transport / protein folding / collagen-containing extracellular matrix / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.51 Å | ||||||||||||
Authors | Satoh, T. / Nishio, M. / Yagi-Utsumi, M. / Suzuki, K. / Anzai, T. / Mizushima, T. / Kamiya, Y. / Kato, K. | ||||||||||||
Funding support | Japan, 3items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2020 Title: Crystallographic snapshots of the EF-hand protein MCFD2 complexed with the intracellular lectin ERGIC-53 involved in glycoprotein transport. Authors: Satoh, T. / Nishio, M. / Suzuki, K. / Yagi-Utsumi, M. / Kamiya, Y. / Mizushima, T. / Kato, K. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ygd.cif.gz | 254.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ygd.ent.gz | 200.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ygd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/4ygd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/4ygd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ygbC 4ygcC 4ygeC 3a4uS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Refine code: 0
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