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- PDB-4ygc: Crystal structure of ERGIC-53/MCFD2, monoclinic calcium-bound form 1 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ygc | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of ERGIC-53/MCFD2, monoclinic calcium-bound form 1 | ||||||||||||
![]() |
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / BETA-SANDWICH / EF-HAND / CARGO RECEPTOR / CALCIUM BINDING / ER / ERGIC | ||||||||||||
Function / homology | ![]() Transport to the Golgi and subsequent modification / positive regulation of organelle organization / negative regulation of protein targeting to mitochondrion / Cargo concentration in the ER / endoplasmic reticulum organization / RHOD GTPase cycle / COPII-mediated vesicle transport / RHOC GTPase cycle / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Golgi organization ...Transport to the Golgi and subsequent modification / positive regulation of organelle organization / negative regulation of protein targeting to mitochondrion / Cargo concentration in the ER / endoplasmic reticulum organization / RHOD GTPase cycle / COPII-mediated vesicle transport / RHOC GTPase cycle / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Golgi organization / D-mannose binding / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / sarcomere / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / blood coagulation / unfolded protein binding / protein transport / protein folding / collagen-containing extracellular matrix / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Satoh, T. / Nishio, M. / Yagi-Utsumi, M. / Suzuki, K. / Anzai, T. / Mizushima, T. / Kamiya, Y. / Kato, K. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystallographic snapshots of the EF-hand protein MCFD2 complexed with the intracellular lectin ERGIC-53 involved in glycoprotein transport. Authors: Satoh, T. / Nishio, M. / Suzuki, K. / Yagi-Utsumi, M. / Kamiya, Y. / Mizushima, T. / Kato, K. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 195.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 503.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 42.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 59.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ygbC ![]() 4ygdC ![]() 4ygeC ![]() 3a4uS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
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