+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6rfg | |||||||||
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Title | Structure of the Vaccinia core protein E11 | |||||||||
Components | 15 kDa core protein | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / E11 / E11L / Vaccinia / core protein / RNA Polymerase complex | |||||||||
Function / homology | Virion core protein, vaccinia E11L type / Chordopoxvirus E11 protein / virion component => GO:0044423 / 15 kDa core protein Function and homology information | |||||||||
Biological species | Vaccinia virus | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.897 Å | |||||||||
Authors | Grimm, C. / Fischer, U. | |||||||||
Funding support | Germany, 2items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2019 Title: Structural Basis of Poxvirus Transcription: Vaccinia RNA Polymerase Complexes. Authors: Clemens Grimm / Hauke S Hillen / Kristina Bedenk / Julia Bartuli / Simon Neyer / Qian Zhang / Alexander Hüttenhofer / Matthias Erlacher / Christian Dienemann / Andreas Schlosser / Henning ...Authors: Clemens Grimm / Hauke S Hillen / Kristina Bedenk / Julia Bartuli / Simon Neyer / Qian Zhang / Alexander Hüttenhofer / Matthias Erlacher / Christian Dienemann / Andreas Schlosser / Henning Urlaub / Bettina Böttcher / Aladar A Szalay / Patrick Cramer / Utz Fischer / Abstract: Poxviruses encode a multisubunit DNA-dependent RNA polymerase (vRNAP) that carries out viral gene expression in the host cytoplasm. We report cryo-EM structures of core and complete vRNAP enzymes ...Poxviruses encode a multisubunit DNA-dependent RNA polymerase (vRNAP) that carries out viral gene expression in the host cytoplasm. We report cryo-EM structures of core and complete vRNAP enzymes from Vaccinia virus at 2.8 Å resolution. The vRNAP core enzyme resembles eukaryotic RNA polymerase II (Pol II) but also reveals many virus-specific features, including the transcription factor Rap94. The complete enzyme additionally contains the transcription factor VETF, the mRNA processing factors VTF/CE and NPH-I, the viral core protein E11, and host tRNA. This complex can carry out the entire early transcription cycle. The structures show that Rap94 partially resembles the Pol II initiation factor TFIIB, that the vRNAP subunit Rpo30 resembles the Pol II elongation factor TFIIS, and that NPH-I resembles chromatin remodeling enzymes. Together with the accompanying paper (Hillen et al., 2019), these results provide the basis for unraveling the mechanisms of poxvirus transcription and RNA processing. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6rfg.cif.gz | 320.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6rfg.ent.gz | 278.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6rfg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/6rfg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/6rfg | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17078.436 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vaccinia virus Gene: E11L, VACV_BRZ_SERRO2_065, 51.1rMVA_076, List063, LIVPclone14_074, m8081L, mO081L, VAC_DPP10_078, VAC_DPP11_078, VAC_DPP12_078, VAC_DPP13_078, VAC_DPP15_078, VAC_DPP16_078, VAC_DPP17_078, VAC_ ...Gene: E11L, VACV_BRZ_SERRO2_065, 51.1rMVA_076, List063, LIVPclone14_074, m8081L, mO081L, VAC_DPP10_078, VAC_DPP11_078, VAC_DPP12_078, VAC_DPP13_078, VAC_DPP15_078, VAC_DPP16_078, VAC_DPP17_078, VAC_DPP19_078, VAC_DPP20_078, VAC_DPP21_078, VAC_DPP25_078, VAC_DPP9_078, VAC_IHDW1_068, VAC_TKT3_056, VAC_TKT4_056, VAC_TP3_071, VAC_TP5_071, VACAC2_078, VACCL3_078, VACV-DUKE-075, VACV_063, VACV_CTGV_CM01_066, VACV_IOC_B141_092, VACV_IOC_B388_092, VACV_TT10_083, VACV_TT11_083, VACV_TT12_083, VACV_TT8_083, VACV_TT9_083 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q49PR7 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 30% PEG4000 150 mM NaCl 5mM DTT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 1.0072 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 28, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0072 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.897→40 Å / Num. obs: 48724 / % possible obs: 96.6 % / Redundancy: 6.4 % / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.897→2 Å / Redundancy: 6.1 % / Num. unique obs: 4328 / CC1/2: 0.349 / % possible all: 87.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.897→39.381 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 24.64
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.897→39.381 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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