PDB-3f0w: Human NUMB-like protein, phosphotyrosine interaction domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3f0w

タイトル

Human NUMB-like protein, phosphotyrosine interaction domain

要素

Numb-like protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / PH domain-like / PID domain / Phosphoprotein / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

neuroblast division in subventricular zone / lateral ventricle development / protein metabolic process / adherens junction organization / positive regulation of neurogenesis / axonogenesis / cytokine-mediated signaling pathway / nervous system development / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Lehtio, L. / Moche, M. / Andersson, J. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / D Busam, R. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Human NUMB-like protein, phosphotyrosine interaction domain
著者: Lehtio, L. / Moche, M. / Andersson, J. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / D Busam, R. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / ...

履歴

登録	2008年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3f0w.cif.gz	44.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3f0w.ent.gz	30.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3f0w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/3f0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f0/3f0w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wj1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ha2-1 4ha2-2 7i1b-d 4h9w-d 1d5j-2 2wjg-2 3tf2-4 2esu-d 3zvg-d 1r8n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Numb-like protein

ヘテロ分子

19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Numb-like protein

ヘテロ分子

A: Numb-like protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
38.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.150, 55.150, 99.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2- CL

詳細

Asymmetric unit contains a biological monomer. Strong interactions generated by symmetry are formed by the expression tag.

#1: タンパク質	Numb-like protein / Numb-R 分子量: 19176.936 Da / 分子数: 1 断片: phosphotyrosine interaction domain, UNP residues 60-204 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUMBL / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE / 参照: UniProt: Q9Y6R0
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.92 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 24 % PEG 8000, 0.1M Lithium sulphate, 0.1M Sodium Acetate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月22日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 5126 / Num. obs: 5126 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 19.28
反射シェル	解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 4.03 / Num. unique all: 381 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0044	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WJ1

1wj1

解像度: 2.7→18.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 38.63 / SU ML: 0.345 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.401 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28115	510	10 %	RANDOM
R_work	0.23771	-	-	-
all	0.24223	4591	-	-
obs	0.24223	4591	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.449 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.45 Å²	-0.22 Å²	0 Å²
2-	-	-0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→18.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1188	0	7	0	1195

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	833
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.923	1.943	1634
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.773	3	2012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.479	5	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.663	23.036	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.961	15	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.151	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	259
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.23	1.5	757
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.029	1.5	311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.445	2	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.591	3	456
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.034	4.5	429
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.701→2.769 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	37	-
R_work	0.346	334	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1384	-0.2727	3.2853	3.3581	2.7856	8.2106	-0.0631	-0.3405	-0.1138	0.7393	0.0613	0.2286	0.8699	-0.5646	0.0019	0.9563	0.0621	0.1518	0.6453	0.0321	0.4457	-31.842	-6.448	-23.532
2	11.208	1.6942	2.1778	9.1133	-3.5238	7.4993	-0.4591	0.1831	-0.0602	0.1696	0.6222	-0.8137	-0.5842	1.7595	-0.1631	0.4745	-0.0721	-0.1162	1.1277	-0.2123	0.2204	-14.22	6.481	-20.285
3	2.5064	0.3693	0.3556	5.5687	3.5567	8.8635	-0.5163	0.0536	0.0605	0.1575	0.4102	0.2142	-0.3526	0.7617	0.106	0.5069	0.1261	-0.0569	0.4089	-0.0031	0.2577	-26.598	5.322	-19.418

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	48 - 81
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	82 - 109
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	110 - 202

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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