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- PDB-1r8n: The Crystal Structure of the Kunitz (STI) Type Inhibitor from See... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r8n
タイトルThe Crystal Structure of the Kunitz (STI) Type Inhibitor from Seeds of Delonix regia
要素Kunitz trypsin inhibitor
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Kunitz-type trypsin/kallikrein inhibitor / beta-trefoil fold / flamboyant / Delonix regia
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Kunitz-type serine protease inhibitor DrTI
類似検索 - 構成要素
生物種Delonix regia (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Krauchenco, S. / Pando, S.C. / Marangoni, S. / Polikarpov, I.
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the Kunitz (STI)-type inhibitor from Delonix regia seeds.
著者: Krauchenco, S. / Pando, S.C. / Marangoni, S. / Polikarpov, I.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Purification, crystallization and preliminary crystallographic study of a Kunitz-type trypsin inhibitor from Delonix regia seeds
著者: Polikarpov, I. / Golubev, A.M. / Perles, L.A. / Pando, S.C. / Novello, J.C. / Marangoni, S.
#2: ジャーナル: Phytochemistry / 年: 2001
タイトル: Primary sequence determination of a Kunitz inhibitor isolated from Delonix regia seeds
著者: Pando, S.C. / Oliva, M.L.V. / Sampaio, C.A.M. / Di Ciero, L. / Novello, J.C. / Marangoni, S.
履歴
登録2003年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kunitz trypsin inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1981
ポリマ－20,1981
非ポリマー00
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.125, 67.249, 72.061
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Kunitz trypsin inhibitor / STI


分子量: 20197.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Delonix regia (マメ科) / 参照: UniProt: P83667
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 22% PEG8000, 0.25M ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.38 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年2月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: triangular bent crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→19.52 Å / Num. all: 30413 / Num. obs: 23454 / % possible obs: 77.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.75→1.89 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 813 / % possible all: 35

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AVU

1avu


解像度: 1.75→19.52 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: CNS bulk solvent model used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1075 3.5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 23454 77.1 %-
all-30413 --
原子変位パラメータBiso mean: 35.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.65 Å210.12 Å2-2.47 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1417 0 0 183 1600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.75-1.830.629140.3510.16894524.9
1.83-1.930.336870.3210.036190049.4
1.93-2.050.276950.2590.028282674.7
2.05-2.20.2941630.2520.023334588.1
2.2-2.430.2691630.2260.021353692.8
2.43-19.520.2115530.1990.0151090294.4
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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