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- PDB-1wy7: crystal structure of a putative RNA methyltransferase PH1948 from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wy7
タイトルcrystal structure of a putative RNA methyltransferase PH1948 from Pyrococcus horikoshii
要素hypothetical protein PH1948
キーワードTRANSFERASE / seven-stranded beta sheet / methyltransferase fold / STRUCTURAL GENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process / methyltransferase activity / methylation / nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能
: / Methyltransferase small domain / Methyltransferase small domain / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Methyltransferase-like protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gao, Y.G. / Yao, M. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the putative RNA methyltransferase PH1948 from Pyrococcus horikoshii, in complex with the copurified S-adenosyl-L-homocysteine
著者: Gao, Y.G. / Yao, M. / Yong, Z. / Tanaka, I.
履歴
登録2005年2月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein PH1948
B: hypothetical protein PH1948
C: hypothetical protein PH1948
D: hypothetical protein PH1948
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6598
ポリマ－95,1214
非ポリマー1,5384
水5,621312
1
A: hypothetical protein PH1948
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1652
ポリマ－23,7801
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: hypothetical protein PH1948
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1652
ポリマ－23,7801
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: hypothetical protein PH1948
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1652
ポリマ－23,7801
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: hypothetical protein PH1948
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1652
ポリマ－23,7801
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)206.975, 43.141, 118.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a monomer.

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要素

#1: タンパク質
hypothetical protein PH1948


分子量: 23780.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: PH1948 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834-DE3
参照: UniProt: O59611, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.629986 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PEG400, HEPES-Na, CaCl2, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→39.86 Å / Num. all: 53514 / Num. obs: 53514 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 47.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 5050 / Rsym value: 0.218 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→10 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 5222 9.8 %random
Rwork0.242 ---
all-52894 --
obs-52329 98.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: Throughout / Bsol: 54.88 Å2 / ksol: 35.04 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.873 Å20 Å2-1.417 Å2
2---3.079 Å20 Å2
3---9.952 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.374 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.367 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6407 0 104 312 6823
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.39
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.53
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.505
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.141
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.324
Refine LS restraints NCSNCS model details: ncs restraints for main chain / Weight Biso : 0.3 / Weight position: 200
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 500 9.5 %
Rwork0.307 4401 -
obs-4901 93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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