+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wj1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution structure of phosphotyrosine interaction domain of mouse Numb protein | ||||||
要素 | Numb protein | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / PTB / PID domain / Numb protein / structural genomics (構造ゲノミクス) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neuroblast division in subventricular zone / regulation of postsynapse assembly / Degradation of GLI1 by the proteasome / lateral ventricle development / Hedgehog 'on' state / Recycling pathway of L1 / alpha-catenin binding / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / negative regulation of protein localization to plasma membrane / adherens junction organization ...neuroblast division in subventricular zone / regulation of postsynapse assembly / Degradation of GLI1 by the proteasome / lateral ventricle development / Hedgehog 'on' state / Recycling pathway of L1 / alpha-catenin binding / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / negative regulation of protein localization to plasma membrane / adherens junction organization / positive regulation of dendrite morphogenesis / positive regulation of neurogenesis / クラスリン / regulation of neuron differentiation / neuroblast proliferation / forebrain development / クラスリン / 軸索誘導 / beta-catenin binding / apical part of cell / nervous system development / cytoplasmic vesicle / basolateral plasma membrane / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / エンドソーム / endosome membrane / positive regulation of cell migration / cadherin binding / glutamatergic synapse / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Sato, M. / Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Tochio, N. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of phosphotyrosine interaction domain of mouse Numb protein 著者: Sato, M. / Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Tochio, N. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 700 | SHEET AUTHOR DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1wj1.cif.gz | 924.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1wj1.ent.gz | 799.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1wj1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/1wj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/1wj1 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17226.615 Da / 分子数: 1 / 断片: PID domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: RIKEN cDNA 1200002O22 / プラスミド: P031020-52 / 参照: UniProt: Q9QZS3 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 | 内容: 1.3mM PID domain U-15N,13C; 20mM phosphate buffer NA; 100mM NaCl; 5mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
---|---|
試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, target function 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |