PDB-2p3m: Solution structure of Mj0056

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p3m

タイトル

Solution structure of Mj0056

要素

Riboflavin Kinase MJ0056

キーワード

TRANSFERASE / RIFT barrel / phosphotransferase / riboflavin kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

CTP-dependent riboflavin kinase / riboflavin kinase activity / FMN biosynthetic process / riboflavin biosynthetic process / nucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model type details

minimized average

データ登録者

Coles, M. / Truffault, V. / Djuranovic, S. / Martin, J. / Lupas, A.N.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: A CTP-Dependent Archaeal Riboflavin Kinase Forms a Bridge in the Evolution of Cradle-Loop Barrels.
著者: Ammelburg, M. / Hartmann, M.D. / Djuranovic, S. / Alva, V. / Koretke, K.K. / Martin, J. / Sauer, G. / Truffault, V. / Zeth, K. / Lupas, A.N. / Coles, M.

履歴

登録	2007年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p3m.cif.gz	881.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p3m.ent.gz	744.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p3m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/2p3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/2p3m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vbsC 2vbtC 2vbuC 2vbvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1w4s-d 2ee7-d 4y94-3 3p3k-d 5myi-d 6g3p-2 1wj1-d 4rru-d 2y3v-4 5m1n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Riboflavin Kinase MJ0056

15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	target function
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: タンパク質	Riboflavin Kinase MJ0056 分子量: 15709.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: Mj0056 / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60365, CTP-dependent riboflavin kinase

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	3D 15N-SEPARATED NOESY
1	3	1	3D NNH NOESY
1	4	1	HNHA
1	5	1	HNHB
1	6	1	3D 13C-SEPARATED NOESY
1	7	1	3D CNH NOESY

NMR実験の詳細

Text: REPRESENTATIVE CONFORMER IS THE REGULARISED AVERAGE STRUCTURE

-
試料調製

詳細	内容: 0.65 MM MJ0056 UNLABELLED MM PHOSPHATE BUFFER; 150 MM NAC 90% H2O,10% D2O; 0.65 MM MJ0056 U-15N; 30 MM PHOSPHATE BUFFER; 150 MM 90% H2O, 10% D2O; 0.65 MM MJ005 15N,13C; 30 MM PHOSPHATE BUFFER 150 MM NACL
試料状態	イオン強度: 150 mM / pH: 7.4 / 圧: AMBIENT / 温度: 300 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DMX	Bruker	DMX	600	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	750	2
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	900	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR NIH	2.9.4	BRUNGER	精密化
XwinNMR	3.1		構造決定
Sparky			構造決定
X-PLOR NIH	2.9.4		構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE SOLVED USING 839, DISTANCE RESTRAINTS, 56 HBOND RESTRAINTS, 399 DIHEDRAL RESTRAINTS AND 180 J-COUPLING RESTRAINTS.

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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