PDB-2w7q: Structure of Pseudomonas aeruginosa LolA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2w7q

タイトル

Structure of Pseudomonas aeruginosa LolA

要素

OUTER-MEMBRANE LIPOPROTEIN CARRIER PROTEIN

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / PERIPLASMIC CHAPERONE / LIPOPROTEIN TRANSPORT / TRANSPORT / CHAPERONE

機能・相同性

機能・相同性情報

lipoprotein localization to outer membrane / lipoprotein transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Remans, K. / Pauwels, K. / van Ulsen, P. / Savvides, S. / Decanniere, K. / Cornelis, P. / Tommassen, J. / Van Gelder, P.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Hydrophobic Surface Patches on Lola of Pseudomonas Aeruginosa are Essential for Lipoprotein Binding.
著者: Remans, K. / Pauwels, K. / Van Ulsen, P. / Buts, L. / Cornelis, P. / Tommassen, J. / Savvides, S. / Decanniere, K. / Van Gelder, P.

履歴

登録	2008年12月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年9月28日	Group: Database references / Non-polymer description
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2w7q.cif.gz	90.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2w7q.ent.gz	69.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2w7q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/2w7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/2w7q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ua8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1lmh-d 5wl7-d 3u7n-d 6jfq-d 2mzb-d 4kbn-2 4uea-2 5vrm-3 6jfs-d 1qhl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: OUTER-MEMBRANE LIPOPROTEIN CARRIER PROTEIN

B: OUTER-MEMBRANE LIPOPROTEIN CARRIER PROTEIN

ヘテロ分子

45.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: OUTER-MEMBRANE LIPOPROTEIN CARRIER PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: OUTER-MEMBRANE LIPOPROTEIN CARRIER PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.656, 68.439, 61.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	LEU	LEU	A	A	35 - 45	35 - 45
2	1	THR	THR	LEU	LEU	B	B	35 - 45	35 - 45
1	2	ARG	ARG	LEU	LEU	A	A	51 - 61	51 - 61
2	2	ARG	ARG	LEU	LEU	B	B	51 - 61	51 - 61
1	3	ARG	ARG	ILE	ILE	A	A	68 - 80	68 - 80
2	3	ARG	ARG	ILE	ILE	B	B	68 - 80	68 - 80
1	4	LEU	LEU	ASP	ASP	A	A	88 - 90	88 - 90
2	4	LEU	LEU	ASP	ASP	B	B	88 - 90	88 - 90
1	5	ILE	ILE	LYS	LYS	A	A	126 - 129	126 - 129
2	5	ILE	ILE	LYS	LYS	B	B	126 - 129	126 - 129
1	6	ASP	ASP	VAL	VAL	A	A	136 - 138	136 - 138
2	6	ASP	ASP	VAL	VAL	B	B	136 - 138	136 - 138
1	7	THR	THR	PHE	PHE	A	A	150 - 155	150 - 155
2	7	THR	THR	PHE	PHE	B	B	150 - 155	150 - 155
1	8	ASN	ASN	GLN	GLN	A	A	161 - 164	161 - 164
2	8	ASN	ASN	GLN	GLN	B	B	161 - 164	161 - 164
1	9	ASN	ASN	PHE	PHE	A	A	174 - 178	174 - 178
2	9	ASN	ASN	PHE	PHE	B	B	174 - 178	174 - 178

#1: タンパク質	OUTER-MEMBRANE LIPOPROTEIN CARRIER PROTEIN / PSEUDOMONAS AERUGINOSA LOLA 分子量: 22835.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / 参照: UniProt: Q9I0M4
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	PROTEIN WAS CLONED WITH N-TERMINAL HISTIDINE TAG AND THROMBINE CLEAVAGE SITE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.66 % 解説: CHAINSAW MODEL OF 1UA8 WAS USED FOR MOLECULAR REPLACEMENT
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS PH 8.5 30% PEG4000 0.2 M LI2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.808
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.808 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→90 Å / Num. obs: 27714 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 28.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / R_merge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UA8

1ua8

解像度: 1.88→45.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 9.238 / SU ML: 0.137 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.256	1380	5 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.205	26017	97.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.35 Å²	0 Å²	-1.71 Å²
2-	-	-1.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→45.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2886	0	12	148	3046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	3028
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.045	1.973	4120
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.872	5	394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.05	24.722	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.567	15	533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.065	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.149	0.2	482
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.243	0.2	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	2047
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	167
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.181	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.156	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.291	1.5	1953
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.006	2	3053
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.138	3	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.878	4.5	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
237	medium positional	0.2	0.5
253	loose positional	0.65	15
237	medium thermal	1.46	2
253	loose thermal	2.45	25

LS精密化シェル

解像度: 1.88→1.93 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	96	-
R_work	0.223	1645	-
obs	-	-	85.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.994	1.0931	0.1483	1.2345	0.3825	1.5066	-0.0837	0.071	0.1227	-0.378	-0.0193	0.191	-0.024	0.0064	0.103	0.1519	0.0504	-0.0528	0.0855	-0.0035	0.1258	0.4574	5.7619	4.6178
2	2.4585	-1.4043	-0.1101	1.9262	1.6082	2.4496	-0.0789	0.0941	-0.1789	-0.1337	-0.0254	0.2513	-0.015	-0.0379	0.1043	0.0776	0.0156	-0.0037	0.1275	0.0225	0.0847	7.6708	-0.7349	-3.0032
3	5.2632	1.8723	1.9142	1.5029	1.0063	2.2855	-0.0384	-0.0302	0.1949	-0.1684	-0.0881	0.3691	0.0522	-0.0808	0.1265	0.0509	0.0366	-0.0383	0.0887	-0.0493	0.1561	-4.5815	4.5608	8.0369
4	1.8611	-2.3769	-0.8602	3.0387	1.1844	2.8321	0.0367	-0.0877	0.1965	-0.1346	0.2395	-0.1938	-0.2797	0.2573	-0.2763	0.0795	0.0021	0.079	0.2108	-0.017	0.0374	15.8518	2.8207	-7.2697
5	3.3858	-1.9641	-0.0772	2.6628	-0.32	3.2655	0.5306	0.2122	0.0261	-0.6924	-0.3273	-0.0632	-0.0629	-0.0729	-0.2034	0.162	0.0272	0.0689	0.1081	0.0186	0.0746	12.2058	-4.0494	36.1171
6	7.5074	1.1296	-1.066	5.5353	-5.3142	13.3747	-0.0965	0.0366	0.1082	0.1161	0.2905	-0.1918	0.0759	0.3023	-0.1941	0.1038	0.0812	0.0434	0.1762	-0.0108	0.0103	7.9291	4.1788	24.8841
7	3.9243	-2.7547	0.8649	4.6748	-1.4181	2.1865	0.299	0.331	0.4021	-0.5868	-0.4262	-0.6632	0.0877	0.256	0.1273	0.1169	0.0226	0.1211	0.1226	0.0656	0.0986	20.3873	-4.0012	38.1808
8	1.3539	-3.2681	1.3738	7.8921	-3.2009	5.1455	0.2939	0.1274	-0.0795	0.3086	0.2888	0.7887	0.3291	0.2812	-0.5828	0.112	0.0966	-0.0647	0.1263	-0.0766	0.1383	4.043	-1.0991	22.0657

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 67
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	68 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	122 - 182
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	183 - 204
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	20 - 75
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	76 - 101
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	102 - 183
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	184 - 204

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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