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- PDB-2zpy: Crystal structure of the mouse radxin FERM domain complexed with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zpy
タイトルCrystal structure of the mouse radxin FERM domain complexed with the mouse CD44 cytoplasmic peptide
要素
  • CD44 antigen
  • Radixin
キーワードCELL ADHESION / FERM domain / CD44 / Actin capping / Actin-binding / Cell membrane / Cytoplasm / Cytoskeleton / Membrane / Phosphoprotein / Structural protein / Alternative splicing / Glycoprotein / Proteoglycan / Pyrrolidone carboxylic acid / Receptor / Sulfation / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


stereocilium base / Hyaluronan degradation / microvillus assembly / hyaluronic acid binding / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / negative regulation of regulatory T cell differentiation / Recycling pathway of L1 / Degradation of the extracellular matrix / regulation of lamellipodium morphogenesis / Integrin cell surface interactions ...stereocilium base / Hyaluronan degradation / microvillus assembly / hyaluronic acid binding / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / negative regulation of regulatory T cell differentiation / Recycling pathway of L1 / Degradation of the extracellular matrix / regulation of lamellipodium morphogenesis / Integrin cell surface interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of adaptive immune response / wound healing involved in inflammatory response / hyaluronan catabolic process / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / branching involved in prostate gland morphogenesis / type II transforming growth factor beta receptor binding / channel regulator activity / negative regulation of mature B cell apoptotic process / actin filament capping / stereocilium / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / apical protein localization / cellular response to thyroid hormone stimulus / wound healing, spreading of cells / cargo receptor activity / branching involved in ureteric bud morphogenesis / cortical actin cytoskeleton / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / cleavage furrow / microvillus / lamellipodium membrane / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / ruffle / Neutrophil degranulation / receptor-mediated endocytosis / cell projection / filopodium / establishment of protein localization / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / Wnt signaling pathway / apical part of cell / lamellipodium / myelin sheath / actin binding / basolateral plasma membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell adhesion / apical plasma membrane / protein domain specific binding / membrane raft / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / cell surface / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / CD44 antigen / CD44 antigen-like / Link domain signature. ...Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / CD44 antigen / CD44 antigen-like / Link domain signature. / Link domain / Extracellular link domain / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Ezrin/radixin/moesin-like / Acyl-CoA Binding Protein / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / C-type lectin-like/link domain superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH-domain like / C-type lectin fold / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CD44 antigen / Radixin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Mori, T. / Kitano, K. / Terawaki, S. / Maesaki, R. / Fukami, Y. / Hakoshima, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for CD44 recognition by ERM proteins
著者: Mori, T. / Kitano, K. / Terawaki, S. / Maesaki, R. / Fukami, Y. / Hakoshima, T.
履歴
登録2008年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Radixin
B: CD44 antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1122
ポリマ－39,1122
非ポリマー00
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area16380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.700, 66.182, 86.217
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Radixin / ESP10


分子量: 36934.598 Da / 分子数: 1 / 断片: FERM domain (residues 1-310) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rdx / プラスミド: pET49b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P26043
#2: タンパク質・ペプチド CD44 antigen


分子量: 2177.579 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 293-312 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide synthesis / 参照: UniProt: P15379
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.6
詳細: 0.1M Tris, 0.2M Potassium thiocyanate, 15% PEG 3350 , pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 21492 / % possible obs: 100 %
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GC7

1gc7


解像度: 2.1→20 Å
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.256 -RANDOM
Rwork0.231 --
obs-21492 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2543 0 0 171 2714

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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