+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zpp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Neutron crystal structure of cubic insulin at pD9 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process / response to L-arginine ...Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process / response to L-arginine / positive regulation of lipoprotein lipase activity / lactate biosynthetic process / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of glucose metabolic process / lipoprotein biosynthetic process / COPI-mediated anterograde transport / lipid biosynthetic process / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of protein autophosphorylation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ishikawa, T. / Tanaka, I. / Niimura, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: An abnormal pK(a) value of internal histidine of the insulin molecule revealed by neutron crystallographic analysis 著者: Ishikawa, T. / Chatake, T. / Morimoto, Y. / Maeda, M. / Kurihara, K. / Tanaka, I. / Niimura, N. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 30.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 21.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1b2gS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2383.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3403.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-DOD / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: microdialysis / pH: 9 詳細: 0.2M sodium phosphate, 10mM 3NaEDTA, pH 9.0, MICRODIALYSIS, temperature 298K |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: NUCLEAR REACTOR / タイプ: その他 / 波長: 2.9 Å |
検出器 | タイプ: BIX-3 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月22日 |
放射 | モノクロメーター: ELLASTICALLY BENT SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.3→80 Å / Num. all: 3789 / Num. obs: 3747 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 11.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.145 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 4.72 / Num. unique all: 368 / % possible all: 98.1 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1B2G 解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.008 |