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万見
- PDB-2z70: E.coli RNase 1 in complex with d(CGCGATCGCG) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z70
タイトルE.coli RNase 1 in complex with d(CGCGATCGCG)
要素
  • DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DAP*DTP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
  • Ribonuclease IPancreatic ribonuclease family
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ribonuclease (リボヌクレアーゼ) / Endonuclease (エンドヌクレアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


エンテロバクターリボヌクレアーゼ / Enterobacter ribonuclease activity / ribonuclease T2 activity / RNA catabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / RNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease T2, prokaryotic / Ribonuclease T2, His active site 1 / Ribonuclease T2 family histidine active site 1. / Ribonuclease T2-like / Ribonuclease T2 family / Ribonuclease Rh; Chain A / Ribonuclease T2-like / Ribonuclease T2, His active site 2 / Ribonuclease T2 family histidine active site 2. / Ribonuclease T2-like superfamily ...Ribonuclease T2, prokaryotic / Ribonuclease T2, His active site 1 / Ribonuclease T2 family histidine active site 1. / Ribonuclease T2-like / Ribonuclease T2 family / Ribonuclease Rh; Chain A / Ribonuclease T2-like / Ribonuclease T2, His active site 2 / Ribonuclease T2 family histidine active site 2. / Ribonuclease T2-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / Ribonuclease I
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Martinez-Rodriguez, S. / Loris, R. / Messens, J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Nonspecific base recognition mediated by water bridges and hydrophobic stacking in ribonuclease I from Escherichia coli
著者: Rodriguez, S.M. / Panjikar, S. / Van Belle, K. / Wyns, L. / Messens, J. / Loris, R.
履歴
登録2007年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年7月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Version format compliance
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DAP*DTP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')
A: Ribonuclease I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3563
ポリマ－29,3162
非ポリマー401
水5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.556, 49.758, 143.108
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DGP*DCP*DGP*DAP*DTP*DCP*DGP*DCP*DG)-3')


分子量: 2123.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Nucleotide synthesis
#2: タンパク質 Ribonuclease I / Pancreatic ribonuclease family / Enterobacter ribonuclease / RNase I


分子量: 27192.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rna, rnsA / プラスミド: pET-14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21338, EC: 3.1.27.6
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 20% PEG8000, 0.1M Sodium acetate, 1mM MgCl2, 0.1M MES, pH6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG800011
2Sodium acetate11
3MgCl211
4MES11
5HOH11
6PEG800012
7Sodium acetate12
8MgCl212
9MES12
10HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8125 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8125 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→15 Å / Num. all: 28734 / Num. obs: 28734 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4.34 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 2813 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PQX

2pqx


解像度: 1.7→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.197 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2355 2228 7.8 %RANDOM
Rwork0.19009 ---
obs0.19363 26505 99.66 %-
all-28734 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.326 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1837 68 1 281 2187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3571.9842744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0195264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.07625.05985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.09115313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.579157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021555
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21018
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21391
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1080.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9131.51279
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42421996
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2073854
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3134.5739
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 156 -
Rwork0.269 1912 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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