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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pqx | ||||||
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タイトル | E. coli RNase 1 (in vivo folded) | ||||||
要素 | Ribonuclease IPancreatic ribonuclease family | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ribonuclease (リボヌクレアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 エンテロバクターリボヌクレアーゼ / Enterobacter ribonuclease activity / ribonuclease T2 activity / RNA catabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / RNA binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.42 Å | ||||||
データ登録者 | Messens, J. / Loris, R. / Wyns, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of E. coli ribonuclease 1 著者: Messens, J. / Collet, J.F. / Loris, R. / Wyns, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pqx.cif.gz | 60.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pqx.ent.gz | 47.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pqx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/2pqx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/2pqx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27192.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rna, rnsA / プラスミド: pET-14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl 21(DE3) PlysS / 参照: UniProt: P21338, EC: 3.1.27.6 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-MES / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.24 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 0.1 M MES pH 6.1, 0.1 M NH4AC, 10 % glycerol, 1 mM MgCl2, and 25 % polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: X13 / 波長: 0.8123 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8123 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.42→15 Å / Num. all: 39060 / Num. obs: 39060 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 15.75 |
反射 シェル | 解像度: 1.42→1.47 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.95 / Num. unique all: 3858 / Rsym value: 0.344 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.42→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.42→15 Å
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拘束条件 |
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