PDB-2z4d: NMR Structures of Yeast Proteasome Component Rpn13

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2z4d

タイトル

NMR Structures of Yeast Proteasome Component Rpn13

要素

26S proteasome regulatory subunit RPN13

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / Proteasome / PH domain

機能・相同性

機能・相同性情報

proteasome regulatory particle, lid subcomplex / proteasome storage granule / proteasome complex / ubiquitin binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Zhang, N. / Walters, K.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Proteasome subunit Rpn13 is a novel ubiquitin receptor.
著者: Husnjak, K. / Elsasser, S. / Zhang, N. / Chen, X. / Randles, L. / Shi, Y. / Hofmann, K. / Walters, K.J. / Finley, D. / Dikic, I.

履歴

登録	2007年6月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2z4d.cif.gz	252.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2z4d.ent.gz	207.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2z4d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2z4d_validation.pdf.gz	344.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2z4d_full_validation.pdf.gz	416.5 KB	表示
XML形式データ	2z4d_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	2z4d_validation.cif.gz	26.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/2z4d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/2z4d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fho 1ubq 2coc 2d9v 2dhk 2hth
類似構造データ	3cr4-d 2h2m-d 2ljh-d 3cr5-d 5dkn-d 3mce-1 2e71-d 2n9w-d 1iqo-d 3vua-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (7)

登録構造単位

A: 26S proteasome regulatory subunit RPN13

11.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	8 / 35	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	26S proteasome regulatory subunit RPN13 / Proteasome Component Rpn13 / Proteasome non-ATPase subunit 13 分子量: 11220.795 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 6-101 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPN13 / プラスミド: pRSET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O13563

#1: タンパク質

26S proteasome regulatory subunit RPN13 / Proteasome Component Rpn13 / Proteasome non-ATPase subunit 13

分子量: 11220.795 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 6-101 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RPN13 / プラスミド: pRSET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O13563

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	HN(CA)CB, HNCA/HN(CO)CA, HNCO/HN(CA)CO
1	2	2	3D 15N-separated NOESY
1	3	3	3D 13C-separated NOESY
1	4	3	(H)CCH-TOCSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.4mM Rpn13 U-15N, 13C; U-70% 2H; 20mM phosphate buffer; 50mM NaCl; 4mM DTT; 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	0.5mM Rpn13 U-15N; U-50% 2H; 20mM phosphate buffer; 50mM NaCl; 4mM DTT; 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
3	0.5mM Rpn13 U-13C; 20mM phosphate buffer; 50mM NaCl; 4mM DTT; 100% D2O	100% D2O

試料状態

イオン強度: 20mM phosphate, 50mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	2006	Frank Delaglio, Stephan Grzesiek, Guang Zhu, Geerten W. Vuister, John Pfeifer and Ad Bax	解析
XEASY	1996	Tai-he Xia and Christian Bartels	データ解析
X-PLOR	3.851	A. T. Brunger	構造決定
X-PLOR	3.851		精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1084 restraints, 949 are NOE-derived distance constraints, 79 dihedral angle restraints, 56 distance restraints from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 35 / 登録したコンフォーマーの数: 8

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)