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万見
- PDB-2n9w: Solution NMR Structure of the membrane localization domain from t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n9w
タイトルSolution NMR Structure of the membrane localization domain from the Ras/Rap1-specific endopeptidase (RRSP) of the Vibrio vulnificus multifunctional autoprocessing repeats-in-toxins (MARTX) toxin
要素RTX toxin
キーワードTOXIN / Bacterial Toxin / Membrane Localization Domains
機能・相同性
機能・相同性情報


合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / host cell cytosol / acyltransferase activity / ligase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane ...合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / host cell cytosol / acyltransferase activity / ligase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cysteine-type peptidase activity / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / C-terminal repeat from RTX toxins / : / : / Pasteurella multocida toxin, C2 domain / RtxA toxin / RtxA repeat / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain ...: / C-terminal repeat from RTX toxins / : / : / Pasteurella multocida toxin, C2 domain / RtxA toxin / RtxA repeat / Dermonecrotic/RTX toxin, membrane localization domain / Membrane Localization Domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Multifunctional-autoprocessing repeats-in-toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model11
データ登録者Hisao, G.S. / Brothers, M.C. / Ho, M. / Wilson, B.A. / Rienstra, C.M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: The membrane localization domains of two distinct bacterial toxins form a 4-helix-bundle in solution.
著者: Hisao, G.S. / Brothers, M.C. / Ho, M. / Wilson, B.A. / Rienstra, C.M.
履歴
登録2015年12月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22017年3月8日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RTX toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1511
ポリマ－10,1511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 RTX toxin


分子量: 10151.451 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 3591-3669 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 遺伝子: LO82_10955 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M1PTL9, UniProt: A0A2S3R7M0*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HNCO
1413D HN(CA)CB
1513D C(CO)NH
1613D (H)CCH-TOCSY
1723D (H)CCH-TOCSY
1813D HNHA
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-15N TOCSY
11113D 1H-13C NOESY
11223D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] MLDVvRRSP, 20 mM TRIS, 500 mM sodium chloride, 0.01 % DSS, 2 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] MLDVvRRSP, 20 mM TRIS, 500 mM sodium chloride, 0.01 % DSS, 2 mM EDTA, 99% D2O99% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMMLDVvRRSP-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMTRIS-21
500 mMsodium chloride-31
0.01 %DSS-41
2 mMEDTA-51
1 mMMLDVvRRSP-6[U-99% 13C; U-99% 15N]2
20 mMTRIS-72
500 mMsodium chloride-82
0.01 %DSS-92
2 mMEDTA-102
試料状態イオン強度: 0.5 / pH: 7.4 / 圧: ambient / Temperature units: K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ2.3Variancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOS-NShen, Baxデータ解析
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1256 / NOE intraresidue total count: 492 / NOE long range total count: 114 / NOE medium range total count: 151 / NOE sequential total count: 180 / Protein phi angle constraints total count: 73 / Protein psi angle constraints total count: 73
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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