PDB-1iqo: Solution structure of MTH1880 from methanobacterium thermoautotro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1iqo

タイトル

Solution structure of MTH1880 from methanobacterium thermoautotrophicum

要素

HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1880

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / beta-alpha / anti-parallel / calcium binding / structural genomics

機能・相同性

Hypothetical protein MTH1880 / Protein of unknown function DUF749 / Uncharacterised conserved protein UCP005648, calcium-binding / Hypothetical protein MTH1880 / Domain of unknown function (DUF749) / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Conserved protein

機能・相同性情報

生物種

Methanothermobacter (古細菌)

手法

溶液NMR / distance geometry simulated annealing, molecular dynamics matrix relaxation torsion angle dynamics

データ登録者

Lee, C.H. / Shin, J. / Bang, E. / Jung, J.W. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H. / Lee, W.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: Solution structure of a novel calcium binding protein, MTH1880, from Methanobacterium thermoautotrophicum.
著者: Lee, C.H. / Jung, J.W. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H. / Lee, W.

履歴

登録	2001年7月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2002年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1iqo.cif.gz	553.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1iqo.ent.gz	461.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1iqo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1iqo_validation.pdf.gz	340.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1iqo_full_validation.pdf.gz	511.9 KB	表示
XML形式データ	1iqo_validation.xml.gz	34.6 KB	表示
CIF形式データ	1iqo_validation.cif.gz	53.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/1iqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/1iqo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1iqsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2l0r-d 2ncz-d 2l2q-d 4qhg-d 2gvs-d 2h2m-d 2kfx-d 1u5g-2 5y7w-2 3a6s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1880

9.96 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル

#1: タンパク質	HYPOTHETICAL PROTEIN MTH1880 分子量: 9960.412 Da / 分子数: 1 / 変異: M1L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanothermobacter (古細菌) / 属: Methanothermobacter / プラスミド: pET13b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: O27908

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
2	2	2	3D 15N-separated NOESY
2	3	2	HNHA
3	4	3	2D 15N HSQC for H/D exchange

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2mM MTH1880 U-15N,13C; 25mM phosphate buffer, 300mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	2mM MTH1880 U-15N; 25mM phosphate buffer, 300mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O	90% H2O/10% D2O
3	1mM MTH1880 U-15N; 25mM phosphate buffer, 300mM NaCl; 100% D2O	100% D2O

試料状態

Conditions-ID	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	7.6	ambient	298 K
2	7.6	ambient	298 K
3	7.6	ambient	298 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker Inc.	collection
VNMR	6.1b	Varian Inc.	collection
NMRPipe	1.8	Delaglio	解析
Sparky	3.98	Goddard and Kneller	データ解析
CNS	1	BRUNGER	精密化
MOLMOL	2.1	Kordi	構造決定
Insight II	2000	Accelrys Inc.	構造決定

精密化

手法: distance geometry simulated annealing, molecular dynamics matrix relaxation torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 762 restraints, 669 are NOE-derived distance constraints, 39 dihedral angle restraints,54 distance restraints from hydrogen bonds.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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