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- PDB-2l0r: Conformational Dynamics of the Anthrax Lethal Factor Catalytic Center -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l0r
タイトルConformational Dynamics of the Anthrax Lethal Factor Catalytic Center
要素Lethal factor
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / TOXIN (毒素) / protein (タンパク質) / Anthrax Lethal Factor / catalytic domain / Zn metalloprotease / Bacillus Anthracis (炭疽菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


anthrax lethal factor endopeptidase / host cell cytosol / Uptake and function of anthrax toxins / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / toxin activity / タンパク質分解 / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Anthrax toxin lethal factor, central domain / Anthrax toxin lethal factor, middle domain / Anthrax toxin, lethal/endema factor / : / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily ...Anthrax toxin lethal factor, central domain / Anthrax toxin lethal factor, middle domain / Anthrax toxin, lethal/endema factor / : / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法溶液NMR / Molexular mechanics
Model detailsminimized average, model 1
データ登録者Dalkas, G.A. / Chasapis, C.T. / Gkazonis, P.V. / Bentrop, D.A. / Spyroulias, G.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Conformational dynamics of the anthrax lethal factor catalytic center.
著者: Dalkas, G.A. / Chasapis, C.T. / Gkazonis, P.V. / Bentrop, D. / Spyroulias, G.A.
履歴
登録2010年7月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lethal factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1391
ポリマ－12,1391
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)31 / 31target function
代表モデルモデル #1minimized average

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要素

#1: タンパク質 Lethal factor / LF / Anthrax lethal toxin endopeptidase component


分子量: 12139.410 Da / 分子数: 1
断片: C-terminal 106 residues catalytic core domain (Domain IV), UNP residues 705-809
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: BXA0172, GBAA_pXO1_0172, lef, pXO1-107 / プラスミド: pGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P15917, anthrax lethal factor endopeptidase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCA
1313D HN(CO)CA
1413D HN(CA)CB
1513D HNHA
1613D (H)CCH-TOCSY
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY
1912D (HB)CB(CGCD)HDarom
11012D 2J-edited 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細内容: 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Anthrax LF C-term-1, 10 % % [U-99% 2H] D2O-2, 90 % % H2O-3, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMAnthrax LF C-term-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 %D2O-2[U-99% 2H]1
90 %H2O-31
試料状態イオン強度: Pi 50 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE4002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANAGuntert, Braun and Wuthrich構造決定
Amber5Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
精密化手法: Molexular mechanics / ソフトェア番号: 1
詳細: Energy minimization, bond lengths/angles optimization
代表構造選択基準: minimized average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 31 / 登録したコンフォーマーの数: 31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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