PDB-2ynx: Crystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to Last Archa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ynx

タイトル

Crystal Structure of Ancestral Thioredoxin Relative to Last Archaea Common Ancestor (LACA) from the Precambrian Period

要素

LACA THIOREDOXIN

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ANCESTRAL RECONSTRUCTED

機能・相同性

Glutaredoxin / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.749 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Conservation of Protein Structure Over Four Billion Years
著者: Ingles-Prieto, A. / Ibarra-Molero, B. / Delgado-Delgado, A. / Perez-Jimenez, R. / Fernandez, J.M. / Gaucher, E.A. / Sanchez-Ruiz, J.M. / Gavira, J.A.

履歴

登録	2012年10月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月25日	Group: Database references
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ynx.cif.gz	146.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ynx.ent.gz	118.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ynx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ynx_validation.pdf.gz	433 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ynx_full_validation.pdf.gz	434 KB	表示
XML形式データ	2ynx_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	2ynx_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2ynx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/2ynx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yj7C 2yn1C 2yoiC 2ypmC 3zivC 4ba7C 2trxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2hxk-2 4f68-d 2eio-1 4f6b-d 1fb6-1 2fch-1 5hr1-3 3e3e-1 2fch-5 2yn1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LACA THIOREDOXIN

B: LACA THIOREDOXIN

ヘテロ分子

24.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LACA THIOREDOXIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LACA THIOREDOXIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.153, 36.294, 48.118
Angle α, β, γ (deg.)	90.76, 107.97, 111.01
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	LACA THIOREDOXIN 分子量: 12033.165 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: OXIDOREDUCTASE, ANCESTRAL RECONSTRUCTED / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: thioredoxin-disulfide reductase (NADPH)
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.6 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / 手法: counter-diffusion / pH: 9 詳細: COUNTER-DIFFUSION: TRIS-HCL 0.1M, 20% PEG 400, 15% PEG 4000, 10% PEG 8000; PH 9.0, 277 K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→45.32 Å / Num. obs: 18887 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 15.89 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 88.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TRX

2trx

解像度: 1.749→45.322 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2164	969	5.1 %
R_work	0.1603	-	-
obs	0.1631	18885	97.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.652 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4954 Å²	0.4176 Å²	-3.187 Å²
2-	-	2.083 Å²	-1.2278 Å²
3-	-	-	-0.5877 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.749→45.322 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1667	0	5	184	1856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	1874
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.387	2553
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.967	750
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	282
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	333

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7488-1.841	0.3208	142	0.2463	2310	X-RAY DIFFRACTION	88
1.841-1.9563	0.2316	127	0.1744	2604	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9563-2.1074	0.2106	159	0.1552	2559	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1074-2.3194	0.233	141	0.1433	2595	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3194-2.655	0.1969	120	0.1467	2626	X-RAY DIFFRACTION	99
2.655-3.3449	0.213	146	0.1483	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3449-45.3374	0.1994	134	0.1648	2619	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6631	4.3462	0.1756	4.7115	0.9011	3.9133	0.1059	-0.1511	0.2151	0.3465	-0.2079	0.2695	-0.0506	-0.0819	0.0505	0.2771	0.0609	-0.0269	0.1143	-0.0559	0.1168	-7.7791	5.0878	-0.2102
2	1.4729	0.0684	1.5338	1.1646	-0.277	3.3849	0.0186	-0.17	-0.001	0.3661	0.1111	-0.1521	-0.0174	-0.056	-0.0089	0.1645	0.0273	-0.0356	0.0824	-0.0261	0.0875	-2.3402	0.8802	-3.4017
3	2.9092	-2.0716	2.9769	4.7334	-4.1695	4.3667	-0.0195	-0.1778	-0.108	0.1709	0.1569	0.2272	-0.0328	-0.3046	-0.116	0.1004	-0.013	0.0391	0.123	-0.002	0.103	-11.0155	-9.1171	-8.9943
4	1.1777	-1.0367	0.54	4.8796	-2.8138	2.7524	-0.0544	-0.1417	0.1388	0.1375	0.0724	0.0807	-0.118	-0.0785	-0.0055	0.1274	0.0015	0.017	0.0835	-0.0391	0.0818	-5.1135	2.1219	-5.9134
5	1.7503	-0.2327	-0.0252	3.2837	-0.8307	1.8037	-0.0016	-0.15	0.0852	0.0939	-0.0727	-0.2871	-0.0014	0.1721	0.1111	0.0683	-0.0057	0.0074	0.0886	-0.0034	0.1059	1.2699	-1.5094	-11.9983
6	4.2755	0.1017	1.793	4.2879	-0.2177	4.1359	0.0175	-0.1914	-0.2066	0.1348	-0.102	-0.3849	0.3709	0.1285	0.0713	0.1476	0.019	0.0278	0.1177	0.037	0.0923	2.6114	-13.1355	-8.2554
7	4.9448	-0.2722	0.1395	5.5204	-0.2755	4.418	0.029	0.3166	0.3476	-0.3123	0.0261	-0.0748	-0.2321	-0.0238	-0.0545	0.1637	-0.0212	0.0495	0.1612	0.0266	0.0639	6.1441	-6.8632	-35.7565
8	0.2637	0.7109	0.8767	5.9818	0.1089	4.1644	-0.0618	0.2482	0.0409	-0.6965	0.099	0.1068	0.0466	-0.3472	-0.0081	0.1967	0.0412	0.0089	0.4291	0.0245	0.1117	-6.029	-9.7775	-35.8303
9	1.8863	0.2365	0.447	1.0208	0.1413	1.2558	0.0917	-0.1491	-0.1118	-0.0501	0.0314	-0.0438	-0.0393	0.0321	-0.0778	0.0283	-0.0084	0.0218	0.0851	-0.0054	0.0786	8.4834	-13.7418	-27.1755
10	1.0893	-0.637	0.3041	2.3622	0.1252	0.9453	0.0722	-0.0479	-0.1801	0.0123	0.0786	-0.0083	0.1636	-0.0393	-0.0152	0.0393	-0.0155	-0.0009	0.0528	0.031	0.0833	0.2005	-19.9112	-22.4597

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:9)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 10:30)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 31:46)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 47:67)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 68:93)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 94:105)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 1:14)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 15:19)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 20:82)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 83:105)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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