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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yc2 | ||||||
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タイトル | Intraflagellar Transport Complex 25-27 from Chlamydomonas | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / CILIUM / IFT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intraciliary transport particle B / motile cilium / cytoskeleton / endosome / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.588 Å | ||||||
データ登録者 | Bhogaraju, S. / Taschner, M. / Lorentzen, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2011 タイトル: Crystal Structure of the Intraflagellar Transport Complex 25/27. 著者: Bhogaraju, S. / Taschner, M. / Morawetz, M. / Basquin, C. / Lorentzen, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yc2.cif.gz | 122.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yc2.ent.gz | 92.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yc2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2yc2_validation.pdf.gz | 459.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2yc2_full_validation.pdf.gz | 472.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2yc2_validation.xml.gz | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2yc2_validation.cif.gz | 30.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/2yc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/2yc2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15690.838 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-135 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8LIX8 #2: タンパク質 | 分子量: 23070.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8HN58 #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: 20% PEG 3350, 50MM MES PH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.973 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年2月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.973 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 16992 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 36.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.59→1.74 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 85 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 1TVG, 2O52, 1Y2K, 2AED, 1N6H 解像度: 2.588→48.11 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 2 / 位相誤差: 28.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.311 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.588→48.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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