[日本語] English
万見
- PDB-2y5p: B-repeat of Listeria monocytogenes InlB (internalin B) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y5p
タイトルB-repeat of Listeria monocytogenes InlB (internalin B)
要素INTERNALIN B
キーワードPROTEIN BINDING / VIRULENCE FACTOR / PATHOGENICITY FACTOR / BETA-GRASP FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / peptidoglycan-based cell wall / heparin binding / lipid binding / cell surface / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Listeria-Bacteroides repeat domain / GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent ...Listeria-Bacteroides repeat domain / GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent / Internalin, N-terminal / Bacterial adhesion/invasion protein N terminal / : / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Internalin B / Internalin B
類似検索 - 構成要素
生物種LISTERIA MONOCYTOGENES EGD (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Ebbes, M. / Niemann, H.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Fold and Function of the Inlb B-Repeat.
著者: Ebbes, M. / Bleymuller, W.M. / Cernescu, M. / Nolker, R. / Brutschy, B. / Niemann, H.H.
履歴
登録2011年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Data collection / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: INTERNALIN B
B: INTERNALIN B
C: INTERNALIN B
D: INTERNALIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,64015
ポリマ－33,2134
非ポリマー42711
水7,134396
1
A: INTERNALIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3833
ポリマ－8,3031
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: INTERNALIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3833
ポリマ－8,3031
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: INTERNALIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4946
ポリマ－8,3031
非ポリマー1915
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: INTERNALIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3793
ポリマ－8,3031
非ポリマー762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-90.8 kcal/mol
Surface area16330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.610, 58.340, 158.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.395, -0.903, 0.17), (-0.916, 0.371, -0.157), (0.079, -0.217, -0.973)-5.49415, -12.08115, -21.476
2given(0.96314, 0.25222, 0.09354), (-0.19788, 0.89984, -0.38876), (-0.18223, 0.35592, 0.91658)1.98639, -6.43393, -40.44755
3given(-0.44894, -0.89146, -0.06122), (-0.88352, 0.43261, 0.17954), (-0.13357, 0.13469, -0.98184)-8.1784, -8.9221, -62.89132

-
要素

#1: タンパク質
INTERNALIN B / INLB


分子量: 8303.241 Da / 分子数: 4 / 断片: B-REPEAT, RESIDUES 322-392 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LISTERIA MONOCYTOGENES EGD (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODON PLUS / 参照: UniProt: P25147, UniProt: P0DQD2*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細CALCIUM ION (CA): CA2+ IONS FROM CRYSTALLIZATION SOLUTION. POSITION VERIFIED BY ANOMALOUS ...CALCIUM ION (CA): CA2+ IONS FROM CRYSTALLIZATION SOLUTION. POSITION VERIFIED BY ANOMALOUS DIFFERENCE DENSITY. IDENTITY INFERRED FROM SURROUNDINGS. CHLORIDE ION (CL): CL- IONS FROM CRYSTALLIZATION SOLUTION. POSITION VERIFIED BY ANOMALOUS DIFFERENCE DENSITY. IDENTITY INFERRED FROM SURROUNDINGS.
配列の詳細FIRST THREE RESIDUES GAM DERIVE FROM TEV CLEAVAGE OF GST TAG.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.3 %
解説: DATA MERGED FROM THREE DIFFERENT WAVELENGTHS COLLECTED FROM THE SAME CRYSTAL. 0.81 A COLLECTED ON X11 WITH FLATPANEL DETECTOR. 0.95 A AND 1.9 A COLLECTED ON X12 WITH MAR 225 CCD DETECTOR.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20 DEG C IN HANGING OR SITTING-DROPS WITH 2 UL PROTEIN (17.3 MG/ML) PLUS 1 UL RESERVOIR (0.1 M NA-ACETATE PH 5.0, 0.2 M CACL2, 18 % PEG 6000).

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1110.81
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X122
検出器
タイプID検出器
MAR555 FLAT PANEL1IMAGE PLATE
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→47 Å / Num. obs: 66287 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 22.7 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 31.8
反射 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.98 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.3→47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.556 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19559 1989 3 %RANDOM
Rwork0.15709 ---
obs0.15827 64294 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.105 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.24 Å20 Å20 Å2
2---1.85 Å20 Å2
3----1.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2313 0 11 396 2720
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0222597
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021743
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0971.9313564
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00334286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3555340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.5724.672122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.6715434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.013156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212946
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02556
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6931.51539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1121.5626
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.84122526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.14831058
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.0144.51014
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.40934340
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 140 -
Rwork0.263 4576 -
obs--99.24 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る