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万見
- PDB-2yz8: Crystal structure of the 32th Ig-like domain of human obscurin (K... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yz8
タイトルCrystal structure of the 32th Ig-like domain of human obscurin (KIAA1556)
要素Obscurin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / obsucurin / KIAA1556 / Ig fold / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to M-band / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / M band / regulation of small GTPase mediated signal transduction / structural constituent of muscle / ankyrin binding / sarcomere organization ...protein localization to M-band / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / M band / regulation of small GTPase mediated signal transduction / structural constituent of muscle / ankyrin binding / sarcomere organization / NRAGE signals death through JNK / RHOQ GTPase cycle / myofibril / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / RHOA GTPase cycle / titin binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / sarcolemma / Z disc / G alpha (12/13) signalling events / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / nuclear body / protein serine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Obscurin, SH3 domain / : / : / SOS1/NGEF-like PH domain / IQ calmodulin-binding motif / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. ...Obscurin, SH3 domain / : / : / SOS1/NGEF-like PH domain / IQ calmodulin-binding motif / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / IQ motif profile. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / PH-like domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Saijo, S. / Ohsawa, N. / Nishino, A. / Kishishita, S. / Chen, L. / Fu, Z.Q. / Chrzas, J. / Wang, B.C. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the 32th Ig-like domain of human obscurin (KIAA1556)
著者: Saijo, S. / Ohsawa, N. / Nishino, A. / Kishishita, S. / Chen, L. / Fu, Z.Q. / Chrzas, J. / Wang, B.C. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年5月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Obscurin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8361
ポリマ－10,8361
非ポリマー00
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.358, 43.358, 102.316
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Obscurin / Obscurin-myosin light chain kinase / Obscurin-MLCK / Obscurin-RhoGEF


分子量: 10835.966 Da / 分子数: 1 / 断片: 32th Ig-like domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OBSCN, KIAA1556 / プラスミド: PK051017-18 / 発現宿主: Cell-free protein synthesis / 参照: UniProt: Q5VST9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M tri-sodium citrate dihydrate pH 5.6, 2M ammonium sulfate , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97901 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月31日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97901 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 7165 / Num. obs: 6566 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 6.9 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 390 / Rsym value: 0.247 / % possible all: 56.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homology-model (SWISS-MODEL)

解像度: 2→39.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 9.269 / SU ML: 0.13 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The structure was refined also with CNS 1.1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 648 9.9 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.214 5904 92.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.164 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数673 0 0 39 712
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022684
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1391.976930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.832589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.89522.59327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.23515108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.004157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1130.238
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3451.5455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6592717
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0163256
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4924.5213
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 28 -
Rwork0.225 251 -
obs-279 53.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
131.139312.5841-11.88087.72031.180918.1151-0.6834-0.0438-0.5867-0.24790.2304-0.37430.07421.63760.45310.1141-0.0325-0.03860.14120.1747-0.124816.75116.89740.956
215.1152-8.4455-3.0644.74021.3148.0447-0.21040.08420.64140.09540.1307-0.1333-0.5953-0.54140.07970.31470.0180.01960.07850.0041-0.0013-1.14920.67247.531
34.04894.1084-6.06858.9418-2.637511.6918-0.03970.1486-0.3837-0.7262-0.5818-0.27950.01930.16120.62150.21940.0252-0.00990.27690.0868-0.007913.85414.64634.761
49.978-2.43.452415.83931.74571.6294-0.00750.2206-0.2518-0.23920.0006-0.26350.5365-0.30380.00680.1215-0.03310.00960.1366-0.0558-0.15983.6236.46444.199
512.82276.1438-5.24347.2612-4.39817.6667-0.05610.3487-0.0558-0.18190.1820.31510.214-0.7807-0.12590.1259-0.02310.01040.17370.0236-0.09940.58813.02835.574
677.803515.1459-41.45944.9309-15.369648.96431.29721.23482.1870.7285-0.19741.543-1.20120.2781-1.09970.2517-0.04230.0090.2516-0.0469-0.09494.7318.05537.611
742.92591.1879-39.35925.373-14.192168.2394-0.03763.23870.0209-0.10640.38810.29830.0842-4.5244-0.35050.2041-0.1321-0.02910.4992-0.0250.0139-7.76914.73843.972
839.7578-8.1266-1.19785.1417-0.91299.4222-0.6477-0.7168-0.97310.04850.4950.50930.3336-1.14830.15270.1558-0.01120.02490.20730.0111-0.135-2.67911.49351.574
99.5947-0.7842-5.83794.27582.29826.7725-0.07130.1381-0.1271-0.0717-0.1738-0.41110.09560.37260.24510.1404-0.00020.00460.12430.065-0.131610.85211.13844.514
1031.8458-8.3698-11.699113.00073.268611.90370.44290.70541.2353-0.216-0.04370.4092-0.928-1.7458-0.39920.21740.11930.00360.31520.05-0.1131-8.68620.91854.511
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA459 - 4668 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2AA467 - 48016 - 29
3X-RAY DIFFRACTION3AA481 - 49130 - 40
4X-RAY DIFFRACTION4AA492 - 49941 - 48
5X-RAY DIFFRACTION5AA500 - 51249 - 61
6X-RAY DIFFRACTION6AA513 - 51762 - 66
7X-RAY DIFFRACTION7AA518 - 52267 - 71
8X-RAY DIFFRACTION8AA523 - 52872 - 77
9X-RAY DIFFRACTION9AA529 - 54278 - 91
10X-RAY DIFFRACTION10AA543 - 54892 - 97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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