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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y5m | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF LINEAR GRAMICIDIN D OBTAINED USING TYPE I CRYSTALS GROWN IN A 7.7 MONOACYLGLYCEROL LIPID CUBIC PHASE. | |||||||||
要素 | VAL-GRAMICIDIN A | |||||||||
キーワード | ANTIBIOTIC / ION CHANNEL / MESOPHASE / SPONGE PHASE | |||||||||
機能・相同性 | GRAMICIDIN A / : 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å | |||||||||
データ登録者 | Hoefer, N. / Aragao, D. / Caffrey, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2011 タイトル: Membrane Protein Crystallization in Lipidic Mesophases. Hosting Lipid Effects on the Crystallization and Structure of a Transmembrane Peptide 著者: Hoefer, N. / Aragao, D. / Lyons, J. / Caffrey, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2y5m.cif.gz | 62.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2y5m.ent.gz | 49.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2y5m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/2y5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/2y5m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1882.294 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 詳細: GRAMICIDIN A IS A HEXADECAMERIC HELICAL PEPTIDE WITH ALTERNATING D,L CHARACTERISTICS. THE N-TERM IS FORMYLATED (RESIDUE 0). THE C-TERM IS CAPPED WITH ETHANOLAMINE (RESIDUE 16). 由来: (天然) BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア) / 参照: NOR: NOR00243, GRAMICIDIN A #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | GRAMICIDIN IS A HETEROGENEOUS MIXTURE OF SEVERAL COMPOUNDS INCLUDING GRAMICIDIN A, B AND C WHICH ...GRAMICIDIN | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 % 解説: DATA WERE COLLECTED USING A COLLIMATED MINIBEAM WITH A 10 MICRON BEAMSIZE |
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結晶化 | 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5 詳細: 25 %(W/V) PEG 3350, 0.2 M LISO4, 0.1 M BIS TRIS AT PH 5.5, LIPIDIC CUBIC PHASE OF 7.7 MAG (SN-1-O-(CIS-7)TETRADECENYLGLYCEROL) WAS USED IN A RATIO OF 1:20 (MOL/MOL) GRAMICIDIN D TO LIPID. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.8266 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月5日 / 詳細: SI(111) DOUBLE CRYSTAL |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8266 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.08→30.2 Å / Num. obs: 46435 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 5.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.08→1.1 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 65 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1AL4 解像度: 1.08→30.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 0.709 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUE 15P A1001 IN THIS ENTRY WAS NAMED PEG-A IN THE PRIMARY CITATION. RESIDUES 15P A1002 AND 15P A1003 IN THIS ENTRY WERE NAMED PEG-B AND ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUE 15P A1001 IN THIS ENTRY WAS NAMED PEG-A IN THE PRIMARY CITATION. RESIDUES 15P A1002 AND 15P A1003 IN THIS ENTRY WERE NAMED PEG-B AND PEG-B' RESPECTIVELY IN THE PRIMARY CITATION.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.08→30.2 Å
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拘束条件 |
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