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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y4p | ||||||
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タイトル | Dimeric structure of DAPK-1 catalytic domain | ||||||
![]() | DEATH-ASSOCIATED PROTEIN KINASE 1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / CALMODULIN-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / APOPTOSIS / ATP-BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to hydroperoxide / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / defense response to tumor cell / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / regulation of NMDA receptor activity / syntaxin-1 binding / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process ...cellular response to hydroperoxide / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / defense response to tumor cell / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / regulation of NMDA receptor activity / syntaxin-1 binding / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of autophagy / regulation of autophagy / apoptotic signaling pathway / cellular response to type II interferon / actin cytoskeleton / regulation of apoptotic process / protein autophosphorylation / postsynaptic density / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / negative regulation of translation / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / negative regulation of apoptotic process / GTP binding / apoptotic process / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | de Diego, I. / Lehmann, F. / Wilmanns, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Journey Through the Dap Kinase Architecture 著者: De Diego, I. / Kuper, J. / Lehmann, F. / Wilmanns, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 372.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 309.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32725.262 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-285 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P53355, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.75 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 詳細: 0.1 M TRIS PH 8.0, 0.1 M MGCL2, 15% (W/V) PEG 4000, 0.5 MM AMPPCP, 0.5 MM PMSF. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→62.51 Å / Num. obs: 41340 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 3.1 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 48.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 97.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2W4J 解像度: 2.65→117.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.84 / SU B: 31.574 / SU ML: 0.302 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.59 / ESU R Free: 0.367 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. THE FOLLOWING RESIDUE RANGES ARE DISORDERED AND EXCLUDED FROM MODEL: CHAIN A RESIDUES 1-3, 23, 48-57, 170-179, 276- ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. THE FOLLOWING RESIDUE RANGES ARE DISORDERED AND EXCLUDED FROM MODEL: CHAIN A RESIDUES 1-3, 23, 48-57, 170-179, 276-285. CHAIN B RESIDUES 1-56, 78-97, 149-154, 170-180, 276-285. CHAIN C RESIDUES 1, 170-179, 243, 277-285. CHAIN D RESIDUES 1-55, 83-92, 107-112, 170-180, 277-285.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.954 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→117.97 Å
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拘束条件 |
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