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- PDB-5v6r: Structure of Plexin D1 intracellular domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v6r
タイトルStructure of Plexin D1 intracellular domain
要素Plexin-D1
キーワードPROTEIN BINDING / Rap GAP
機能・相同性
機能・相同性情報


Other semaphorin interactions / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / RND2 GTPase cycle / cardiac septum development / synaptic target recognition / semaphorin receptor activity / coronary vasculature development / aorta development / branching involved in blood vessel morphogenesis / outflow tract morphogenesis ...Other semaphorin interactions / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / RND2 GTPase cycle / cardiac septum development / synaptic target recognition / semaphorin receptor activity / coronary vasculature development / aorta development / branching involved in blood vessel morphogenesis / outflow tract morphogenesis / semaphorin-plexin signaling pathway / lamellipodium membrane / regulation of angiogenesis / endothelial cell migration / synapse assembly / regulation of cell migration / kidney development / cell body / angiogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / protein domain specific binding / axon / glutamatergic synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Plexin-D1, sema domain / GTPase Activation - p120GAP; domain 1 / GTPase Activation - p120gap; domain 1 / Plexin A/B, PSI domain / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain ...Plexin-D1, sema domain / GTPase Activation - p120GAP; domain 1 / GTPase Activation - p120gap; domain 1 / Plexin A/B, PSI domain / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / IPT domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Immunoglobulin E-set / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Shang, G. / Zhang, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM088197 米国
Welch FoundationI-1702 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structure analyses reveal a regulated oligomerization mechanism of the PlexinD1/GIPC/myosin VI complex.
著者: Shang, G. / Brautigam, C.A. / Chen, R. / Lu, D. / Torres-Vazquez, J. / Zhang, X.
履歴
登録2017年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plexin-D1
B: Plexin-D1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,7412
ポリマ－135,7412
非ポリマー00
水1,76598
1
A: Plexin-D1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8711
ポリマ－67,8711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Plexin-D1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8711
ポリマ－67,8711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.852, 164.544, 84.268
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Plexin-D1


分子量: 67870.641 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1339-1925 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Plxnd1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3UH93
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 0.1 M imidazole (pH 7.8) and 15% (w/v) PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 51129 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 29.9
反射 シェルRpim(I) all: 0.231

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IG3

3ig3


解像度: 2.7→37.095 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 28.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2564 1759 3.73 %
Rwork0.215 --
obs0.2165 47172 91.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→37.095 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8092 0 0 98 8190
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038266
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61611191
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8473043
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0221271
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031415
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.7730.36911240.31823209X-RAY DIFFRACTION85
2.773-2.85460.31491360.28753463X-RAY DIFFRACTION92
2.8546-2.94670.30731370.27523593X-RAY DIFFRACTION94
2.9467-3.05190.28671390.27093604X-RAY DIFFRACTION95
3.0519-3.17410.31091400.26593597X-RAY DIFFRACTION94
3.1741-3.31840.28911380.25343561X-RAY DIFFRACTION94
3.3184-3.49330.3011380.23673556X-RAY DIFFRACTION93
3.4933-3.71190.2681370.22723547X-RAY DIFFRACTION93
3.7119-3.99820.24521360.223504X-RAY DIFFRACTION92
3.9982-4.40.21511350.19493488X-RAY DIFFRACTION91
4.4-5.03530.23831340.18453450X-RAY DIFFRACTION90
5.0353-6.33890.25671350.20793478X-RAY DIFFRACTION91
6.3389-37.09860.22411300.1733363X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.24480.59332.71034.60422.92174.36370.18070.3938-0.2079-0.67490.1327-0.1698-0.4030.5071-0.33010.7725-0.11280.02020.70970.01190.3432-49.5378-31.5711-54.9669
25.8529-0.64851.2191.2303-0.34461.14410.13920.0294-0.59140.0185-0.02580.0378-0.0233-0.0516-0.08010.3653-0.0255-0.01820.41930.01390.3707-26.6428-39.5551-22.4054
38.5024-2.85650.53223.56270.34911.95750.25160.1366-1.52810.2725-0.422-0.20540.3360.41510.20510.83110.03580.1660.81380.29731.326823.4544-93.578825.6926
44.0803-1.10440.51391.6161-0.98222.06310.0010.0522-0.72140.07230.05370.04460.0208-0.1603-0.05010.4053-0.0211-0.05170.55230.11040.63881.3506-63.90689.5277
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resi 1552:1690
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and not resi 1552:1690
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resi 1552:1690
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and not resi 1552:1690

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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