PDB-1qgj: ARABIDOPSIS THALIANA PEROXIDASE N

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1qgj

タイトル

ARABIDOPSIS THALIANA PEROXIDASE N

要素

PEROXIDASE N

キーワード

OXIDOREDUCTASE / PEROXIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

plant-type cell wall / lactoperoxidase activity / peroxidase / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Mirza, O. / Oestergaard, L. / Welinder, K.G. / Henriksen, A. / Gajhede, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Arabidopsis thaliana peroxidase N: structure of a novel neutral peroxidase.
著者: Mirza, O. / Henriksen, A. / Ostergaard, L. / Welinder, K.G. / Gajhede, M.

履歴

登録	1999年4月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1qgj.cif.gz	155.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1qgj.ent.gz	122.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1qgj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/1qgj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/1qgj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1h5k-d 1h5m-d 1w4y-d 1gw2-d 1h5l-d 1h5g-d 1h72-d 1h5d-d 2atj-1 4atj-2 1w4w-d 1h5i-d 1kzm-d 3h0z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PEROXIDASE N

B: PEROXIDASE N

ヘテロ分子

66 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PEROXIDASE N

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PEROXIDASE N

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.989, 87.457, 91.371
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PEROXIDASE N 分子量: 32002.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q39034, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE 分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1051 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.99 %

結晶化

*PLUS

温度: 277 K / pH: 4.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	1.64 mg/ml	protein	1	drop
2	10 mM		1	drop	NaAc
3	20 %	PEG4000	1	reservoir
4	10 %	2-propanol	1	reservoir
5	0.1 M	HEPES	1	reservoir

-
データ収集

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	B_iso Wilson estimate: 4 Å²
反射	PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 42515 / % possible obs: 92.6 % / Num. measured all: 201921 / R_merge(I) obs*: 0.065
反射シェル	PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.97 Å / % possible obs: 94.8 % / R_merge(I) obs*: 0.168

-
解析

ソフトウェア

名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.9→20 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Data cutoff high absF: 472727.06 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.205	2066	5 %	RANDOM
R_work	0.17	-	-	-
obs	0.17	41247	89.3 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 57.29 Å² / k_sol: 0.34 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.22 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.22 Å	0.17 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.13 Å	0.1 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4756	0	126	1062	5944

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.8
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	21
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.15
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	0.54	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	0.89	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	0.84	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	1.26	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.9→2.02 Å / R_factor R_free error: 0.013 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22	307	5.1 %
R_work	0.188	5747	-
obs	-	-	79.1 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	PARAM_CNS_AH.HEME	TOPH_CNS_AH.HEME
X-RAY DIFFRACTION	3	ION.PARAM	ION.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	5	GSH_XPLOR_PAR.TX	GSH_XPLOR_TOP.TXT

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 0.5 / 分類: refinement

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	21
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	1.1

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)