[日本語] English
万見
- PDB-2y37: The discovery of novel, potent and highly selective inhibitors of... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y37
タイトルThe discovery of novel, potent and highly selective inhibitors of inducible nitric oxide synthase (iNOS)
要素NITRIC OXIDE SYNTHASE, INDUCIBLE
キーワードOXIDOREDUCTASE / DRUG DESIGN
機能・相同性
機能・相同性情報


Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / positive regulation of killing of cells of another organism / prostaglandin secretion / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cGMP-mediated signaling ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / positive regulation of killing of cells of another organism / prostaglandin secretion / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cGMP-mediated signaling / superoxide metabolic process / cortical cytoskeleton / nitric-oxide synthase binding / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / cellular response to cytokine stimulus / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cellular response to organic cyclic compound / blood vessel remodeling / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / response to tumor necrosis factor / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / regulation of insulin secretion / response to hormone / positive regulation of interleukin-8 production / response to bacterium / Hsp90 protein binding / negative regulation of protein catabolic process / cellular response to type II interferon / beta-catenin binding / regulation of blood pressure / positive regulation of interleukin-6 production / circadian rhythm / cellular response to xenobiotic stimulus / peroxisome / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / regulation of cell population proliferation / actin binding / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / calmodulin binding / intracellular signal transduction / defense response to bacterium / inflammatory response / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of gene expression / heme binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily ...Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A54 / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Nitric oxide synthase, inducible
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Cheshire, D.R. / Andrews, G. / Beaton, H.G. / Birkinshaw, T.N. / Boughton-Smith, N. / Connolly, S. / Cook, T.R. / Cooper, A. / Cooper, S.L. / Cox, D. ...Cheshire, D.R. / Andrews, G. / Beaton, H.G. / Birkinshaw, T.N. / Boughton-Smith, N. / Connolly, S. / Cook, T.R. / Cooper, A. / Cooper, S.L. / Cox, D. / Dixon, J. / Gensmantel, N. / Hamley, P.J. / Harrison, R. / Hartopp, P. / Kack, H. / Luker, T. / Mete, A. / Millichip, I. / Nicholls, D.J. / Pimm, A.D. / St-Gallay, S.A. / Wallace, A.V.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: The Discovery of Novel, Potent and Highly Selective Inhibitors of Inducible Nitric Oxide Synthase (Inos).
著者: Cheshire, D.R. / Berg, A. / Andersson, G.M. / Andrews, G. / Beaton, H.G. / Birkinshaw, T.N. / Boughton-Smith, N. / Connolly, S. / Cook, T.R. / Cooper, A. / Cooper, S.L. / Cox, D. / Dixon, J. ...著者: Cheshire, D.R. / Berg, A. / Andersson, G.M. / Andrews, G. / Beaton, H.G. / Birkinshaw, T.N. / Boughton-Smith, N. / Connolly, S. / Cook, T.R. / Cooper, A. / Cooper, S.L. / Cox, D. / Dixon, J. / Gensmantel, N. / Hamley, P.J. / Harrison, R. / Hartopp, P. / Kack, H. / Leeson, P.D. / Luker, T. / Mete, A. / Millichip, I. / Nicholls, D.J. / Pimm, A.D. / St-Gallay, S.A. / Wallace, A.V.
履歴
登録2010年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NITRIC OXIDE SYNTHASE, INDUCIBLE
B: NITRIC OXIDE SYNTHASE, INDUCIBLE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,00313
ポリマ－100,2422
非ポリマー2,76111
水5,423301
1
A: NITRIC OXIDE SYNTHASE, INDUCIBLE
ヘテロ分子

A: NITRIC OXIDE SYNTHASE, INDUCIBLE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,09914
ポリマ－100,2422
非ポリマー2,85712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area9460 Å2
ΔGint-131.6 kcal/mol
Surface area33290 Å2
手法PISA
2
B: NITRIC OXIDE SYNTHASE, INDUCIBLE
ヘテロ分子

B: NITRIC OXIDE SYNTHASE, INDUCIBLE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,90712
ポリマ－100,2422
非ポリマー2,66510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_554-x+y,y,-z-1/21
Buried area9140 Å2
ΔGint-89.7 kcal/mol
Surface area33910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)212.492, 212.492, 115.372
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1498-

SO4

21A-2143-

HOH

31B-2121-

HOH

41B-2137-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.86116, -0.50831, -0.00381), (-0.50832, 0.86111, 0.0096), (-0.0016, 0.0102, -0.99995)
ベクター: -0.50714, -0.31278, 10.22265)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NITRIC OXIDE SYNTHASE, INDUCIBLE / INDUCIBLE NITRIC OXID SYNTHASE / INDUCIBLE NOS / MACROPHAGE NOS / NOS TYPE II / MAC-NOS


分子量: 50120.953 Da / 分子数: 2 / 断片: OXYGENASE DOMAIN, RESIDUES 66-498 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL23 (DE3) / 参照: UniProt: P29477, nitric-oxide synthase (NADPH)

-
非ポリマー , 6種, 312分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-A54 / 2-[(1R)-3-amino-1-phenyl-propoxy]-4-chloro-benzonitrile / AR-C141954


分子量: 286.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15ClN2O
#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 化合物 ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン


分子量: 241.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N5O3 / コメント: 神経伝達物質*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.4 / 詳細: pH 6.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.059
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.059 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→37.8 Å / Num. obs: 47095 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 65.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→26.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9299 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9096 / SU R Cruickshank DPI: 0.342 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.352 / SU Rfree Blow DPI: 0.247 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.247
詳細: NCS REPRESENTATION : RESTRAINT LSSR ( -AUTONCS). IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=HEM H4B GOL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM ...詳細: NCS REPRESENTATION : RESTRAINT LSSR ( -AUTONCS). IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=HEM H4B GOL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE= 7090. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=130. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=2.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2423 2389 5.08 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.2097 46994 99.06 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4096 Å20 Å20 Å2
2--4.4096 Å20 Å2
3----8.8191 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.345 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→26.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6718 0 187 301 7206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017132HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.159724HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2404SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes172HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1047HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7132HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.97
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion876SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8502SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3184 165 4.96 %
Rwork0.2363 3164 -
all0.2404 3329 -
obs--99.06 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る