[日本語] English
万見
- PDB-4ux6: The discovery of novel, potent and highly selective inhibitors of... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ux6
タイトルThe discovery of novel, potent and highly selective inhibitors of inducible nitric oxide synthase (iNOS)
要素(NITRIC OXIDE SYNTHASE, INDUCIBLE) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / DRUG DESIGN
機能・相同性
機能・相同性情報


Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / Peroxisomal protein import / prostaglandin secretion / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / superoxide metabolic process / cortical cytoskeleton / regulation of cytokine production involved in inflammatory response ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / Peroxisomal protein import / prostaglandin secretion / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / superoxide metabolic process / cortical cytoskeleton / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cellular response to cytokine stimulus / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / : / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric-oxide synthase activity / L-arginine catabolic process / nitric oxide biosynthetic process / regulation of insulin secretion / positive regulation of interleukin-8 production / response to bacterium / negative regulation of protein catabolic process / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / circadian rhythm / peroxisome / FMN binding / cellular response to xenobiotic stimulus / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / regulation of cell population proliferation / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / calmodulin binding / defense response to bacterium / inflammatory response / negative regulation of gene expression / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding ...Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / O-(5-methyl-2-nitrophenyl)-D-tyrosinamide / Nitric oxide synthase, inducible
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3 Å
データ登録者Cheshire, D.R. / Andrews, G. / Beaton, H.G. / Birkinshaw, T. / Boughton-Smith, N. / Connolly, S. / Cook, T.R. / Cooper, A. / Cooper, S.L. / Cox, D. ...Cheshire, D.R. / Andrews, G. / Beaton, H.G. / Birkinshaw, T. / Boughton-Smith, N. / Connolly, S. / Cook, T.R. / Cooper, A. / Cooper, S.L. / Cox, D. / Dixon, J. / Gensmantel, N. / Hamley, P.J. / Harrison, R. / Hartopp, P. / Kack, H. / Luker, T. / Mete, A. / Millichip, I. / Nicholls, D.J. / Pimm, A.D. / St-Gallay, S.A. / Wallace, A.V.
引用
ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: The Discovery of Novel, Potent and Highly Selective Inhibitors of Inducible Nitric Oxide Synthase (Inos).
著者: Cheshire, D.R. / Aberg, A. / Andersson, G.M.K. / Andrews, G. / Beaton, H.G. / Birkinshaw, T.N. / Boughton-Smith, N. / Connolly, S. / Cook, T.R. / Cooper, A. / Cooper, S.L. / Cox, D. / Dixon, ...著者: Cheshire, D.R. / Aberg, A. / Andersson, G.M.K. / Andrews, G. / Beaton, H.G. / Birkinshaw, T.N. / Boughton-Smith, N. / Connolly, S. / Cook, T.R. / Cooper, A. / Cooper, S.L. / Cox, D. / Dixon, J. / Gensmantel, N. / Hamley, P.J. / Harrison, R. / Hartopp, P. / Kack, H. / Leeson, P.D. / Luker, T. / Mete, A. / Millichip, I. / Nicholls, D.J. / Pimm, A.D. / St-Gallay, S.A. / Wallace, A.V.
#1: ジャーナル: Handbook of Medicinal Chemis / 年: 2014
タイトル: Structure-Based Design for Medicinal Chemists
著者: Davis, A.M. / Blaney, J.
履歴
登録2014年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NITRIC OXIDE SYNTHASE, INDUCIBLE
B: NITRIC OXIDE SYNTHASE, INDUCIBLE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0055
ポリマ－47,8322
非ポリマー1,1733
水00
1
A: NITRIC OXIDE SYNTHASE, INDUCIBLE
B: NITRIC OXIDE SYNTHASE, INDUCIBLE
ヘテロ分子

A: NITRIC OXIDE SYNTHASE, INDUCIBLE
B: NITRIC OXIDE SYNTHASE, INDUCIBLE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,01110
ポリマ－95,6654
非ポリマー2,3466
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
Buried area11400 Å2
ΔGint-89.7 kcal/mol
Surface area33230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)213.550, 213.550, 115.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド NITRIC OXIDE SYNTHASE, INDUCIBLE / INDUCIBLE NO SYNTHASE / INDUCIBLE NOS / INOS / MACROPHAGE NOS / MAC-NOS / NOS TYPE II / PEPTIDYL- ...INDUCIBLE NO SYNTHASE / INDUCIBLE NOS / INOS / MACROPHAGE NOS / MAC-NOS / NOS TYPE II / PEPTIDYL-CYSTEINE S-NITROSYLASE NOS2 / INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE


分子量: 2797.133 Da / 分子数: 1 / 断片: OXYGENASE DOMAIN, UNP RESIDUES 77-100 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P29477, nitric-oxide synthase (NADPH)
#2: タンパク質 NITRIC OXIDE SYNTHASE, INDUCIBLE / INDUCIBLE NO SYNTHASE / INDUCIBLE NOS / INOS / MACROPHAGE NOS / MAC-NOS / NOS TYPE II / PEPTIDYL- ...INDUCIBLE NO SYNTHASE / INDUCIBLE NOS / INOS / MACROPHAGE NOS / MAC-NOS / NOS TYPE II / PEPTIDYL-CYSTEINE S-NITROSYLASE NOS2 / INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE


分子量: 45035.242 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 108-496 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P29477, nitric-oxide synthase (NADPH)
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン


分子量: 241.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N5O3 / コメント: 神経伝達物質*YM
#5: 化合物 ChemComp-YWO / O-(5-methyl-2-nitrophenyl)-D-tyrosinamide


分子量: 315.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N3O4
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶解説: NONE
結晶化pH: 6.4 / 詳細: pH 6.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.97
検出器タイプ: BRUKER / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 10438 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: THIS IS A STRUCTURE SOLVED MANY YEARS AGO AS SUCH THERE ARE NO EXPERIMENTAL DATA SUPPORTING THE MODEL.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.23 --
obs0.23 3097 95 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3368 0 83 0 3451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る