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- PDB-2y1l: Caspase-8 in Complex with DARPin-8.4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y1l
タイトルCaspase-8 in Complex with DARPin-8.4
要素
  • AC-IETD-CHO
  • Caspase-8
  • Caspase-8 subunit p18
  • DARPIN-8.4
  • N-(2-oxoethyl)-L-isoleucyl-L-alpha-glutamyl-N-[(1R)-2-carboxy-1-formylethyl]-L-threoninamide
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX / DEVD DARPIN / ANKYRIN REPEAT PROTEIN / RIBOSOME DISPLAY / APOPTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


caspase-8 / death effector domain binding / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / FasL/ CD95L signaling / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / ripoptosome / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / Apoptotic execution phase ...caspase-8 / death effector domain binding / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / FasL/ CD95L signaling / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / ripoptosome / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / Apoptotic execution phase / Activation, myristolyation of BID and translocation to mitochondria / TRIF-mediated programmed cell death / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / positive regulation of macrophage differentiation / self proteolysis / response to cobalt ion / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / death-inducing signaling complex / CLEC7A/inflammasome pathway / natural killer cell activation / negative regulation of necroptotic process / activation of cysteine-type endopeptidase activity / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor receptor binding / death receptor binding / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / execution phase of apoptosis / RIPK1-mediated regulated necrosis / B cell activation / regulation of innate immune response / Apoptotic cleavage of cellular proteins / pyroptotic inflammatory response / positive regulation of proteolysis / macrophage differentiation / protein maturation / cellular response to organic cyclic compound / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / response to tumor necrosis factor / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cysteine-type peptidase activity / regulation of cytokine production / T cell activation / positive regulation of interleukin-1 beta production / proteolysis involved in protein catabolic process / Regulation of NF-kappa B signaling / apoptotic signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / Regulation of necroptotic cell death / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of neuron apoptotic process / lamellipodium / response to estradiol / peptidase activity / heart development / cell body / scaffold protein binding / angiogenesis / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / cytoskeleton / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / protein-containing complex binding / protein-containing complex / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Caspase-8 / : / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Caspase-like / Rossmann fold - #1460 / Ankyrin repeat-containing domain / Peptidase family C14A, His active site ...Caspase-8 / : / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Caspase-like / Rossmann fold - #1460 / Ankyrin repeat-containing domain / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(2-oxoethyl)-L-isoleucyl-L-alpha-glutamyl-N-[(1R)-2-carboxy-1-formylethyl]-L-threoninamide / Caspase-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Barandun, J. / Schroeder, T. / Mittl, P.R.E. / Grutter, M.G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Caspase-8 in Complex with Darpin-8.4
著者: Schroeder, T. / Barandun, J. / Grutter, M.G.
履歴
登録2010年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Other
改定 1.22012年10月3日Group: Derived calculations
改定 1.32014年3月12日Group: Source and taxonomy
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02024年8月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_asym_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-8 subunit p18
B: Caspase-8
C: Caspase-8 subunit p18
D: Caspase-8
E: DARPIN-8.4
F: DARPIN-8.4
H: AC-IETD-CHO
I: N-(2-oxoethyl)-L-isoleucyl-L-alpha-glutamyl-N-[(1R)-2-carboxy-1-formylethyl]-L-threoninamide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,12516
ポリマ－97,5268
非ポリマー5998
水12,340685
1
A: Caspase-8 subunit p18
B: Caspase-8
C: Caspase-8 subunit p18
D: Caspase-8
E: DARPIN-8.4
F: DARPIN-8.4
H: AC-IETD-CHO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,63615
ポリマ－97,0387
非ポリマー5998
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20210 Å2
ΔGint-129.4 kcal/mol
Surface area27030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.000, 81.600, 163.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Caspase-8 subunit p18


分子量: 18027.570 Da / 分子数: 2 / 断片: P18 SUBUNIT, RESIDUES 218-374 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP8, MCH5 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14790
#2: タンパク質 Caspase-8 / CASP-8 / Apoptotic cysteine protease / Apoptotic protease Mch-5 / CAP4 / FADD-homologous ICE/ced-3- ...CASP-8 / Apoptotic cysteine protease / Apoptotic protease Mch-5 / CAP4 / FADD-homologous ICE/ced-3-like protease / FADD-like ICE / FLICE / ICE-like apoptotic protease 5 / MORT1-associated ced-3 homolog / MACH


分子量: 12036.565 Da / 分子数: 2 / 断片: P10 SUBUNIT, RESIDUES 376-479 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP8, MCH5 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14790, caspase-8
#3: タンパク質 DARPIN-8.4


分子量: 18216.504 Da / 分子数: 2 / 断片: N3C, RESIDUES 1-169 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IN-VITRO EVOLVED SEQUENCE / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): XL1BLUE

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 HI

#4: タンパク質・ペプチド AC-IETD-CHO


分子量: 476.478 Da / 分子数: 1 / 断片: AC-IETD-CHO INHIBITOR, RESIDUES 1-4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#5: タンパク質・ペプチド N-(2-oxoethyl)-L-isoleucyl-L-alpha-glutamyl-N-[(1R)-2-carboxy-1-formylethyl]-L-threoninamide


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 488.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
参照: N-(2-oxoethyl)-L-isoleucyl-L-alpha-glutamyl-N-[(1R)-2-carboxy-1-formylethyl]-L-threoninamide

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非ポリマー , 3種, 693分子

#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 685 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.8
詳細: 100 MM CITRIC ACID PH 4.9 (RT), 200 MM LI2SO4, 22.5% PEG 4K.

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年4月23日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.86 Å / Num. obs: 75862 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 3.76 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 17.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.29
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 4.88 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3.76 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1QDU AND 2QYJ

1qdu

2qyj


解像度: 1.8→48.857 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.21 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RAMACHANDRAN OUTLIERS LYS A 320, LYS C 229 ARE IN CLOSE PROXIMITY TO CRYSTAL CONTACTS OR DARPIN BINDING SITE. ELECTRON DENSITY WELL RESOLVED. ASN B 408, MET C 228, ASN D 408 ARE ALSO PRESENT ...詳細: RAMACHANDRAN OUTLIERS LYS A 320, LYS C 229 ARE IN CLOSE PROXIMITY TO CRYSTAL CONTACTS OR DARPIN BINDING SITE. ELECTRON DENSITY WELL RESOLVED. ASN B 408, MET C 228, ASN D 408 ARE ALSO PRESENT IN HIGH RESOLUTION CASPASE-8 STRUCTURES SUCH AS 1QTN, 3KJN, 3KJQ.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2178 3812 5 %
Rwork0.1801 --
obs0.182 75836 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.637 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.081 Å20 Å20 Å2
2---0.2874 Å20 Å2
3---0.3685 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.857 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6203 0 35 685 6923
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096391
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2018639
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0012382
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061965
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041132
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.86430.30793650.25367049X-RAY DIFFRACTION99
1.8643-1.9390.2663870.21797115X-RAY DIFFRACTION99
1.939-2.02720.24623440.19757175X-RAY DIFFRACTION99
2.0272-2.13410.23943840.18977101X-RAY DIFFRACTION99
2.1341-2.26780.23644120.17887168X-RAY DIFFRACTION99
2.2678-2.44290.22263590.17347178X-RAY DIFFRACTION100
2.4429-2.68870.20453880.16967203X-RAY DIFFRACTION100
2.6887-3.07780.21653600.17347274X-RAY DIFFRACTION100
3.0778-3.87740.23830.16867272X-RAY DIFFRACTION99
3.8774-48.87540.19374300.17297489X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8997-0.38560.55012.5038-1.3661.43150.1396-0.0259-0.2772-0.41-0.11110.08140.27090.0616-0.02180.13240.01120.0230.0702-0.00260.1106-10.1337-0.1054-18.5611
20.18650.3399-0.1771.7005-0.76570.15190.0511-0.0149-0.01340.2761-0.079-0.0117-0.04430.02520.02230.12380.00720.01820.0571-0.00650.0438-12.712825.5246-13.393
30.46960.2229-0.04660.297-0.23280.52960.01820.02360.06640.10790.01190.1295-0.0726-0.0162-0.0250.08860.01620.02220.09670.01030.092-16.180126.8476-16.4851
40.43260.01330.06831.2039-0.12120.98480.0153-0.02580.00670.1233-0.0495-0.0847-0.07440.11610.03090.0890.00050.0090.07420.00890.0634-5.186623.5717-14.8853
50.3752-0.20310.01360.46410.17950.5109-0.05650.05330.02710.0840.04740.0363-0.04030.09610.01570.0513-0.01230.01970.06480.00480.0615-6.375119.4943-24.4428
60.0539-0.19210.24011.8677-1.50132.01030.04410.08090.10460.0955-0.1536-0.2837-0.11250.35160.11690.10650.0016-0.00360.11230.01290.1004-2.115414.1596-25.0854
70.45890.5517-0.00511.68520.29560.296-0.0390.12050.0738-0.0940.03860.1372-0.0275-0.0346-0.0080.09880.01040.01470.15440.0270.1035-19.885823.7881-26.8754
83.05354.1968-0.12485.9702-1.00844.4736-0.20580.32480.5719-0.35060.22040.68540.411-0.6511-0.00270.1258-0.03690.00870.16890.00150.1843-20.44086.8276-25.6358
90.37590.1859-0.16321.50920.10910.6139-0.03630.18360.0613-0.2177-0.0160.23690.0034-0.21990.01080.11130.0262-0.01040.16450.01560.1318-20.2421.5377-35.157
100.323-0.3246-0.08970.11420.28230.7717-0.0864-0.05510.0060.00320.0328-0.02640.1363-0.06620.04850.0950.00110.02140.1212-0.00210.0855-10.586810.9469-27.203
110.6653-0.7161-1.26691.03611.58783.4970.03750.1621-0.12110.0232-0.17840.1887-0.0426-0.33190.18790.1256-0.02450.00360.1249-0.03870.1215-14.30845.9003-48.4504
120.2556-0.4545-0.08571.4595-0.0650.8949-0.072-0.10230.17640.04980.0312-0.3229-0.01720.27370.03130.0876-0.0156-0.01160.1601-0.04560.160317.331714.6268-45.3473
131.4788-0.66980.2040.9873-0.08560.84650.0390.1823-0.123-0.0591-0.0131-0.04820.14890.1233-0.02880.11360.01830.01650.1066-0.01740.10422.52042.1908-49.4491
141.4213-0.1309-0.27760.3615-0.09220.78010.0127-0.00280.1891-0.0680.0044-0.0371-0.09580.0556-0.02090.0928-0.00940.00460.0597-0.02590.08193.479917.1653-48.6486
151.344-0.7613-0.391.0844-0.03461.0214-0.0075-0.16660.1467-0.02410.0087-0.15460.00450.1381-0.11720.06440.00270.010.0853-0.0260.0812-0.194415.659-39.7892
162.3582-0.4233-1.93971.66140.17881.5489-0.09150.29210.22930.19190.04990.15-0.0004-0.32990.04720.11590.0088-0.01570.1203-0.01420.1082-13.906119.3569-42.1983
170.5465-0.4578-0.50190.90230.5650.917-0.0389-0.21220.05950.00780.0721-0.16590.07960.1771-0.04170.14270.0267-0.00030.1585-0.03180.12347.22444.8169-35.8904
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200.70360.06090.09740.1667-0.26371.1793-0.07230.0007-0.04630.09160.0799-0.0080.0637-0.04410.01680.09450.01420.01710.0801-0.02350.0664-11.15067.9773-39.6595
212.1018-0.66551.70832.62720.7162.60050.0523-0.0984-0.5417-0.0398-0.12850.70670.1245-0.29590.07060.12640.0021-0.04880.1497-0.05940.2448-12.26976.5587-68.8792
220.9028-0.2631-0.22581.37990.27610.25020.04280.1839-0.024-0.3308-0.01910.0337-0.1114-0.0338-0.01340.19470.0206-0.0240.1095-0.02110.0763-5.110415.5202-69.7497
231.72290.6451-0.30190.8638-0.26141.2303-0.00090.1302-0.0104-0.2482-0.0257-0.1841-0.08620.0142-0.03180.1958-0.00850.07540.0802-0.020.11438.413419.3893-69.0508
241.3838-0.71550.40480.4713-0.30973.22550.0131-0.0770.3559-0.07660.1123-0.6926-0.73390.2157-0.13740.218-0.05960.0730.0564-0.03010.296814.264129.2079-63.1277
250.06460.16590.35912.76051.21563.24230.12690.4480.70410.15890.2451-1.60540.06091.5602-0.27570.14460.04650.0490.6259-0.02170.701522.632421.799-64.3526
263.22050.3766-1.07183.8271-2.01593.0111-0.1819-0.2803-0.5667-0.49660.17180.59760.4314-0.2251-0.07320.1746-0.0877-0.08190.15330.10750.2816-10.90485.19465.9277
270.1255-0.08760.06850.69-0.8051.09550.1254-0.2018-0.3038-0.20580.00610.10540.42470.0869-0.110.1332-0.0001-0.04080.16760.0940.1853-2.78936.15528.2481
280.66010.10660.29670.78770.01741.62240.0549-0.1866-0.00650.01020.01930.09060.07210.0479-0.04230.0671-0.0138-0.00810.12420.03490.0825-4.793116.6576.3324
291.05310.58680.55681.8155-0.8171.4828-0.0209-0.10110.03580.1218-0.0656-0.0386-0.21360.09450.07310.1011-0.01110.00080.0962-0.00850.067-2.099831.43213.9108
302.3942-0.18981.28080.4346-1.38894.8906-0.1841-0.04730.4676-0.014-0.15150.1189-1.5606-0.15940.25930.45160.0465-0.03520.1635-0.0320.2393-5.804742.6698-0.5667
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 222:231)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 232:247)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 248:284)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 285:335)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 336:371)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 392:407)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 408:429)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 430:440)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 441:460)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 461:478)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN C AND RESID 223:235)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN C AND RESID 236:260)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN C AND RESID 261:284)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN C AND RESID 285:334)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN C AND RESID 335:370)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN D AND RESID 390:402)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN D AND RESID 403:429)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN D AND RESID 430:440)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN D AND RESID 441:464)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN D AND RESID 465:479)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN E AND RESID 13:34)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN E AND RESID 35:89)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN E AND RESID 90:135)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN E AND RESID 136:156)
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN E AND RESID 157:168)
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN F AND RESID 13:33)
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN F AND RESID 34:46)
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN F AND RESID 47:88)
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN F AND RESID 89:154)
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN F AND RESID 155:168)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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