PDB-2y0q: The mechanisms of HAMP-mediated signaling in transmembrane recept...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y0q

タイトル

The mechanisms of HAMP-mediated signaling in transmembrane receptors - the A291C mutant

要素

UNCHARACTERIZED PROTEIN

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSMEMBRANE SIGNALLING

機能・相同性

機能・相同性情報

signal transduction / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zeth, K. / Ferris, H.U. / Hulko, M. / Lupas, A.N.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: The Mechanisms of Hamp-Mediated Signaling in Transmembrane Receptors.
著者: Ferris, H.U. / Dunin-Horkawicz, S. / Mondejar, L.G. / Hulko, M. / Hantke, K. / Martin, J. / Schultz, J.E. / Zeth, K. / Lupas, A.N. / Coles, M.

履歴

登録	2010年12月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月16日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2y0q.cif.gz	92 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2y0q.ent.gz	73.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2y0q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2y0q_validation.pdf.gz	447.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2y0q_full_validation.pdf.gz	451 KB	表示
XML形式データ	2y0q_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	2y0q_validation.cif.gz	15.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/2y0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/2y0q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2l7hC 2l7iC 2y0tC 2y20C 2y21C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gsh-1 3gsh-2 3jtn-2 6frr-2 6qji-1 2ldo-d 4hti-d 3av8-3 2vph-3 3nii-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (4)

登録構造単位

A: UNCHARACTERIZED PROTEIN

B: UNCHARACTERIZED PROTEIN

C: UNCHARACTERIZED PROTEIN

D: UNCHARACTERIZED PROTEIN

24.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UNCHARACTERIZED PROTEIN

B: UNCHARACTERIZED PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: UNCHARACTERIZED PROTEIN

D: UNCHARACTERIZED PROTEIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.190, 55.450, 158.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	3 - 50
2	1	1	4	B	3 - 50
1	1	2	4	C	3 - 50
2	1	2	4	D	3 - 50

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	UNCHARACTERIZED PROTEIN / AF1503 分子量: 6039.916 Da / 分子数: 4 / 断片: HAMP DOMAIN, RESIDUES 278-331 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 解説: GENOMIC DNA / プラスミド: GST-FUSION / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28769
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 291 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 291 TO CYS ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 291 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 291 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ALA 291 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ALA 291 TO CYS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.74 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→2.05 Å / Num. obs: 10902 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 12.84 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26939	573	5 %	RANDOM
R_work	0.21541	-	-	-
obs	0.21818	10902	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.675 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1575	0	0	125	1700

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.314	1.992	2158
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.498	5	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.039	23.889	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.445	15	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.646	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	264
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.51	1.5	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.906	2	1655
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.516	3	581
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.519	4.5	500
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	369	medium positional	0.4	0.5
1	2	B	369	medium positional	0.4	0.5
2	1	C	360	medium positional	0.48	0.5
2	2	D	360	medium positional	0.48	0.5
1	1	A	369	medium thermal	0.56	2
1	2	B	369	medium thermal	0.56	2
2	1	C	360	medium thermal	0.64	2
2	2	D	360	medium thermal	0.64	2

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	41	-
R_work	0.195	795	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	19.8506	-5.8403	2.8217	7.0378	-0.1713	0.4897	0.0761	0.317	0.4118	-0.0214	-0.0886	-0.3482	-0.0147	0.0598	0.0125	0.2873	-0.0153	0.0045	0.1087	-0.0178	0.0919	14.852	5.411	-3.705
2	2.2694	0.1453	-0.1328	1.3733	0.5797	2.2526	0.0284	-0.1149	0.0775	0.0102	-0.0099	-0.0495	-0.2513	0.0409	-0.0185	0.1787	0.0297	-0.013	0.0537	-0.0094	0.0981	7.825	11.532	-8.784
3	27.2227	-5.2051	2.5237	8.7304	-2.4679	7.7055	1.5736	0.8043	0.1201	-0.3006	-0.4549	0.4602	-0.497	-0.4425	-1.1186	0.2532	0.1342	0.1163	0.1168	0.0392	0.2454	-3.871	14.863	-11.844
4	10.5928	-5.8534	-1.2532	6.6111	-4.0231	6.7575	-0.2346	-0.0581	-0.4234	0.196	-0.1986	-0.0288	-0.0265	0.3654	0.4332	0.155	0.0868	-0.0267	0.0818	0.0225	0.1911	16.488	-3.937	-15.063
5	1.4478	-0.6738	-0.4801	2.9635	-1.1973	0.9559	0.0838	0.2723	-0.1199	-0.1072	-0.1079	0.1033	0.047	-0.1247	0.0242	0.1424	0.0416	-0.0032	0.098	-0.0311	0.1185	3.004	0.371	-15.883
6	5.6219	-3.0743	1.5762	2.9737	-1.4991	2.6762	-0.0687	0.0258	-0.0725	0.1481	-0.0565	0.1418	0.0981	-0.3564	0.1253	0.1315	0.0121	0.0156	0.1129	-0.0188	0.1205	2.224	0.118	-7.185
7	1.7834	-0.5647	-0.4919	4.078	-1.4799	1.5101	-0.0717	0.3763	-0.0989	-0.205	0.0241	0.0292	-0.0101	-0.1887	0.0477	0.1015	-0.0091	-0.0206	0.2817	-0.0171	0.0425	9.091	10.94	-36.242
8	2.0273	-3.5786	-0.2305	10.6406	-1.7486	1.9222	0.0223	0.0932	-0.1132	0.2846	-0.0501	0.1271	-0.0262	0.0896	0.0277	0.0989	-0.0012	0.0094	0.1877	0.0101	0.0585	9.052	7.239	-26.06
9	18.2606	-3.9765	4.3928	30.4397	5.9858	2.7125	-0.3061	-0.0744	0.2182	0.7471	-0.2332	2.1699	0.1034	-0.0757	0.5393	0.205	0.0922	0.0066	0.3686	-0.0299	0.2015	1.329	19.942	-29.046
10	11.8701	0.3356	6.0575	16.3699	-1.939	3.3756	0.1683	0.5492	-0.6223	-0.1266	0.0674	-0.4816	0.1065	0.278	-0.2356	0.0513	0.0297	0.0428	0.228	-0.0587	0.1259	21.598	4.59	-23.478
11	3.0573	-0.8433	-0.9575	3.5273	0.3479	0.4042	0.0159	0.0201	0.1007	0.1129	-0.0635	-0.132	-0.0196	0.0249	0.0476	0.0693	-0.0025	-0.013	0.258	-0.0091	0.0771	19.415	16.251	-28.09
12	22.5584	2.6139	7.0251	22.854	-6.8848	4.8307	-0.5848	0.28	0.585	0.0039	0.4796	0.2468	-0.1975	-0.0529	0.1051	0.0919	0.0231	-0.0062	0.3321	-0.0188	0.0321	14.721	28.123	-31.335

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	280 - 289
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	290 - 313
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	314 - 329
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	278 - 283
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	284 - 307
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	308 - 329
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	281 - 306
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	307 - 322
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	323 - 328
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	278 - 285
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	286 - 322
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	323 - 330

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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