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- PDB-3gsh: Three-dimensional structure of a post translational modified barl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gsh
タイトルThree-dimensional structure of a post translational modified barley LTP1
要素Non-specific lipid-transfer protein 1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / LTP1 / POST-TRANSCRIPTIONAL MODIFICATION / OXYLIPIN / LIPID- BINDING / LIPOPROTEIN / TRANSPORT / Disulfide bond / Lipid-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid transport / lipid binding
類似検索 - 分子機能
Plant lipid transfer proteins signature. / Plant non-specific lipid-transfer protein/Par allergen / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(12E)-10-oxooctadec-12-enoic acid / trifluoroacetic acid / Non-specific lipid-transfer protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lascombe, M.B. / Prange, T. / Bakan, B. / Marion, D.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2009
タイトル: The crystal structure of oxylipin-conjugated barley LTP1 highlights the unique plasticity of the hydrophobic cavity of these plant lipid-binding proteins.
著者: Bakan, B. / Hamberg, M. / Larue, V. / Prange, T. / Marion, D. / Lascombe, M.B.
履歴
登録2009年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2009年12月15日ID: 3CEE
改定 1.02009年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-specific lipid-transfer protein 1
B: Non-specific lipid-transfer protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,56113
ポリマ－19,4102
非ポリマー1,15211
水3,693205
1
A: Non-specific lipid-transfer protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3588
ポリマ－9,7051
非ポリマー6537
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Non-specific lipid-transfer protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2045
ポリマ－9,7051
非ポリマー4994
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.740, 76.133, 39.402
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.340, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Non-specific lipid-transfer protein 1 / LTP 1 / Probable amylase/protease inhibitor


分子量: 9704.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hordeum vulgare (オオムギ) / 参照: UniProt: P07597

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非ポリマー , 5種, 216分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid


分子量: 114.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2HF3O2
#5: 化合物 ChemComp-ASY / (12E)-10-oxooctadec-12-enoic acid


分子量: 296.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H32O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.84 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M CACODYLATE BUFFER PH6.5, 16% PEG 8000, 0.23M ZINC ACETATE , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月8日
放射モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 15966 / Num. obs: 15218 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.222 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 2189 / Rsym value: 0.261 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 3.082 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 765 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
all0.203 15966 --
obs0.197 15206 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.74 Å2 / Biso mean: 23.739 Å2 / Biso min: 4.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.01 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.191 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1344 0 63 205 1612
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211502
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6462.0032052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8455199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.70525.38565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.62715243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5831510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021166
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.2799
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21026
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1890.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3340.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.220.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.3060.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9181.5946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57721538
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5023556
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1074.5504
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 63 -
Rwork0.188 1018 -
all-1081 -
obs-1018 99.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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