PDB-2y21: The mechanisms of HAMP-mediated signaling in transmembrane recept...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2y21

タイトル

The mechanisms of HAMP-mediated signaling in transmembrane receptors - the A291V mutant

要素

HAMP

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSMEMBRANE SIGNALLING

機能・相同性

機能・相同性情報

signal transduction / identical protein binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Zeth, K. / Ferris, H.U. / Hulko, M. / Lupas, A.N.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: The mechanisms of HAMP-mediated signaling in transmembrane receptors.
著者: Ferris, H.U. / Dunin-Horkawicz, S. / Mondejar, L.G. / Hulko, M. / Hantke, K. / Martin, J. / Schultz, J.E. / Zeth, K. / Lupas, A.N. / Coles, M.

履歴

登録	2010年12月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月16日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2018年6月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity.pdbx_description
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb2y21.ent.gz	214.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	2y21_full_validation.pdf.gz	537.4 KB	表示
XML形式データ	2y21_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	2y21_validation.cif.gz	34.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/2y21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/2y21	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2l7hC 2l7iC 2y0qC 2y0tC 2y20C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ruv-d 4i16-d 6ms1-2 1i7h-3 2m10-d 6esx-2 2kc1-d 1rap-d 2dge-6 5lso-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (4)

登録構造単位

A: HAMP

B: HAMP

C: HAMP

D: HAMP

E: HAMP

F: HAMP

G: HAMP

H: HAMP

I: HAMP

J: HAMP

K: HAMP

L: HAMP

75.7 kDa, 12 ポリマー
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1

K: HAMP

L: HAMP

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.6 kDa, 2 ポリマー
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2

I: HAMP

J: HAMP

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12.6 kDa, 2 ポリマー
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3

G: HAMP

H: HAMP

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12.6 kDa, 2 ポリマー
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4

E: HAMP

F: HAMP

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5

C: HAMP

D: HAMP

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6

A: HAMP

B: HAMP

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12.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	41.150, 81.780, 206.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ILE	ILE	GLU	GLU	A	A	280 - 331	5 - 56
2	HIS	HIS	VAL	VAL	B	B	276 - 328	1 - 53
3	ILE	ILE	GLU	GLU	C	C	280 - 331	5 - 56
4	MET	MET	GLU	GLU	D	D	277 - 331	2 - 56
5	SER	SER	GLU	GLU	E	E	278 - 331	3 - 56
6	MET	MET	GLU	GLU	F	F	277 - 331	2 - 56
7	THR	THR	MET	MET	G	G	279 - 330	4 - 55
8	ILE	ILE	ALA	ALA	H	H	280 - 329	5 - 54
9	ILE	ILE	GLU	GLU	I	I	280 - 331	5 - 56
10	HIS	HIS	ALA	ALA	J	J	276 - 329	1 - 54
11	ILE	ILE	VAL	VAL	K	K	280 - 328	5 - 53
12	MET	MET	ALA	ALA	L	L	277 - 329	2 - 54

#1: タンパク質	HAMP / AF1503 分子量: 6305.246 Da / 分子数: 12 / 断片: HAMP DOMAIN, RESIDUES 278-331 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 解説: GENOMIC DNA / プラスミド: GST-FUSION / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28769
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 291 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 291 TO VAL ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 291 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 291 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ALA 291 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ALA 291 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, ALA 291 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, ALA 291 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, ALA 291 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, ALA 291 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN I, ALA 291 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN J, ALA 291 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN K, ALA 291 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN L, ALA 291 TO VAL

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.94 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.972
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→20 Å / Num. obs: 27272 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.3
反射シェル	解像度: 2.45→2.51 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→19.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 27.469 / SU ML: 0.277 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.597 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28872	1326	5 %	RANDOM
R_work	0.2461	-	-	-
obs	0.24821	25189	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.956 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→19.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4900	0	0	61	4961

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4936
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.357	1.991	6632
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.367	5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.907	24.018	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.436	15	988
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.314	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	805
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.793	1.5	3143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.709	2	5075
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.4	3	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.63	4.5	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 376 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.14	0.05
2	B	tight positional	0.08	0.05
3	C	tight positional	0.06	0.05
4	D	tight positional	0.06	0.05
5	E	tight positional	0.05	0.05
6	F	tight positional	0.06	0.05
7	G	tight positional	0.05	0.05
8	H	tight positional	0.06	0.05
9	I	tight positional	0.06	0.05
10	J	tight positional	0.06	0.05
11	K	tight positional	0.06	0.05
12	L	tight positional	0.05	0.05
1	A	tight thermal	0.11	0.5
2	B	tight thermal	0.12	0.5
3	C	tight thermal	0.12	0.5
4	D	tight thermal	0.14	0.5
5	E	tight thermal	0.12	0.5
6	F	tight thermal	0.13	0.5
7	G	tight thermal	0.11	0.5
8	H	tight thermal	0.11	0.5
9	I	tight thermal	0.11	0.5
10	J	tight thermal	0.13	0.5
11	K	tight thermal	0.11	0.5
12	L	tight thermal	0.11	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	96	-
R_work	0.334	1813	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.445	2.7963	-1.3536	6.16	0.8329	6.3229	-0.0213	0.8608	0.4715	-0.229	0.1315	0.452	-0.3791	-0.5383	-0.1102	0.153	0.0102	-0.0266	0.2609	0.0321	0.1966	-9.303	-16.1741	17.2085
2	7.9402	3.7604	-2.8952	7.8932	-0.5108	4.9555	-0.0028	-0.141	-0.5783	0.5265	-0.0563	-0.2577	0.3785	0.396	0.0591	0.1925	-0.0316	-0.0869	0.1353	-0.0422	0.1752	-1.9502	-23.6252	25.0005
3	3.8475	-1.956	0.9165	13.5187	-2.4087	5.1506	-0.0957	-0.2736	0.3135	0.1461	0.1459	-1.1018	-0.2679	0.6947	-0.0502	0.0351	-0.0408	-0.04	0.1589	-0.0801	0.2861	-13.7471	-7.8639	39.5705
4	3.9613	0.1654	-1.73	8.9769	2.0616	3.7131	-0.3336	0.297	-0.1202	-0.5963	0.5106	0.4277	0.0954	-0.2512	-0.1769	0.0841	-0.0633	-0.0589	0.1383	0.04	0.1247	-25.6539	-11.2067	35.6198
5	8.076	-3.4123	-0.2644	9.9282	-2.4605	5.0262	0.0305	-0.4627	0.52	0.8831	0.0457	-0.5598	-0.7794	0.5522	-0.0762	0.2028	-0.0134	-0.0323	0.1714	-0.0757	0.113	-7.4024	-10.2052	76.1618
6	5.2965	-2.4446	-0.5402	11.5893	-0.185	3.3329	-0.3516	0.3447	-0.3395	-0.6574	0.2278	0.6041	0.397	-0.3417	0.1238	0.1696	-0.0126	-0.0341	0.1824	-0.027	0.1198	-14.0806	-19.5684	70.6071
7	4.2434	-0.0332	-3.7639	15.4791	-1.5605	8.7101	-0.279	-0.9283	0.1201	0.7124	0.5687	-0.9752	-0.4247	0.3711	-0.2897	0.1552	0.1173	-0.094	0.3674	-0.0353	0.229	9.9149	-8.9038	58.5017
8	4.8746	0.4395	-1.3071	6.8691	-1.0767	5.2815	-0.1275	0.1921	0.035	-0.0964	0.514	0.41	-0.205	-0.8387	-0.3866	0.0252	0.0208	-0.0224	0.4219	0.1291	0.1913	-1.592	-9.2343	52.4589
9	3.2821	0.3387	-1.6162	4.7257	1.6284	3.9034	0.6256	0.1465	0.4689	-0.7313	-0.3737	-0.0045	-0.7979	-0.3792	-0.252	0.5724	-0.0186	0.1119	0.101	0.0315	0.2176	-23.4711	17.3639	9.6092
10	5.7327	3.0776	-1.2215	11.2763	1.0616	3.7676	0.2961	-0.4551	0.2786	0.2545	0.1069	-0.7661	-0.1255	0.6501	-0.403	0.2948	-0.1389	-0.0399	0.1742	-0.0453	0.1587	-16.1968	7.8329	14.4251
11	5.5852	-3.9909	-0.5873	6.9339	3.4203	6.8355	0.4433	0.8056	0.3334	-1.4398	-0.3373	-0.194	-1.3764	0.1978	-0.106	0.6649	0.0565	0.0093	0.1609	0.0222	0.1025	-17.9924	0.9946	-9.3066
12	9.9414	0.2737	-2.3344	7.7942	4.9181	11.3246	0.1347	0.013	-0.8173	0.103	-0.1522	0.0915	0.3745	0.2744	0.0175	0.3253	0.0177	-0.0826	0.043	0.018	0.1428	-18.5644	-9.4071	-1.75

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	280 - 331
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	276 - 331
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	280 - 331
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	277 - 331
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	278 - 331
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	277 - 331
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	279 - 330
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	280 - 329
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	280 - 331
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	276 - 329
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	280 - 328
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	277 - 329

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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