PDB-2xxv: Crystal structure of the GluK2 (GluR6) M770K LBD dimer in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xxv

タイトル

Crystal structure of the GluK2 (GluR6) M770K LBD dimer in complex with kainate

要素

GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / inhibitory postsynaptic potential / glutamate receptor activity / ubiquitin conjugating enzyme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T.

引用

ジャーナル: J.Neurosci. / 年: 2011
タイトル: Conformational Flexibility of the Ligand-Binding Domain Dimer in Kainate Receptor Gating and Desensitization
著者: Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T.

履歴

登録	2010年11月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月4日	Group: Database references / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xxv.cif.gz	221.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xxv.ent.gz	178 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xxv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xxv_validation.pdf.gz	457.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xxv_full_validation.pdf.gz	461.8 KB	表示
XML形式データ	2xxv_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	2xxv_validation.cif.gz	37.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/2xxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/2xxv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xxrC 2xxtSC 2xxuC 2xxwC 2xxxC 2xxyC 1s50 1s7y 1s9t 1sd3 1tt1 1yae 2i0b 2i0c S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bdq-d 2xxt-d 2xxy-2 2xxr-d 2wky-d 2pbw-d 2xxw-d 5mfv-d 1my1-1 4bdm-1 5mfq-d 4dld-d 3g3j-d 1my2-2 2xxi-1 2xxy-1 2xxu-d 3c35-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (12) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

B: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

ヘテロ分子

59.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.260, 104.873, 113.589
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2 / GLUTAMATE RECEPTOR 6 / GLUR-6 / GLUR6 分子量: 29623.928 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PET21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42260
#2: 化合物	ChemComp-KAI / 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE / KAINATE / カイニン酸分子量: 213.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅NO₄ / コメント: 神経伝達物質, アゴニスト*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 770 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, MET 770 TO LYS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 27% PEG 4000, 6% PROPAN-2-OL, 80MM SODIUM ACETATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→19.9 Å / Num. obs: 55807 / % possible obs: 88.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 19.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XXT

2xxt

解像度: 1.7→19.939 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2035	2791	5 %
R_work	0.165	-	-
obs	0.1669	55807	88.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.513 Å² / k_sol: 0.371 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3329 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.9779 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.645 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.939 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3977	0	31	501	4509

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4083
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.085	5506
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.225	1518
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	617
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	690

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7293	0.2963	144	0.241	2726	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7293-1.7607	0.2744	142	0.2332	2713	X-RAY DIFFRACTION	91
1.7607-1.7946	0.299	143	0.2069	2719	X-RAY DIFFRACTION	91
1.7946-1.8312	0.2307	142	0.1971	2686	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8312-1.871	0.2186	142	0.1836	2703	X-RAY DIFFRACTION	91
1.871-1.9145	0.2296	142	0.1818	2686	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9145-1.9623	0.2226	141	0.1807	2679	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9623-2.0153	0.2321	141	0.1702	2689	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0153-2.0745	0.2261	141	0.1595	2675	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0745-2.1414	0.1902	140	0.1464	2664	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1414-2.2179	0.1984	141	0.1439	2677	X-RAY DIFFRACTION	89
2.2179-2.3065	0.1889	139	0.1488	2639	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3065-2.4113	0.1784	139	0.1544	2639	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4113-2.5382	0.1824	138	0.1539	2626	X-RAY DIFFRACTION	88
2.5382-2.6969	0.2086	138	0.1616	2620	X-RAY DIFFRACTION	87
2.6969-2.9046	0.2303	138	0.1736	2627	X-RAY DIFFRACTION	87
2.9046-3.1958	0.2357	135	0.1689	2568	X-RAY DIFFRACTION	86
3.1958-3.6558	0.1845	137	0.1571	2591	X-RAY DIFFRACTION	85
3.6558-4.5965	0.1702	134	0.1413	2559	X-RAY DIFFRACTION	83
4.5965-19.9408	0.1685	134	0.1583	2530	X-RAY DIFFRACTION	80

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0354	0.646	-0.4362	1.0572	0.3152	0.7323	-0.1212	0.1684	-0.1837	0.0518	-0.0147	0.0875	0.173	-0.1755	0.1141	0.1128	-0.039	0.0161	0.1328	0.0008	0.1488	-41.6615	24.821	14.0071
2	0.6946	0.2282	-0.8383	1.2499	0.0249	1.1758	-0.0335	-0.0069	0.1235	-0.1173	0.0602	0.0487	-0.0155	-0.0226	-0.026	0.0969	-0.0333	-0.0254	0.0979	0.0359	0.0979	-29.1645	38.4257	5.8943
3	2.0354	0.1041	-0.5291	1.4301	0.1564	1.9575	0.0547	0.1943	-0.1287	-0.2159	-0.0507	-0.0798	0.0181	-0.0905	-0.0057	0.1236	0.0012	0.0081	0.1424	0.0073	0.099	-18.2995	33.1251	1.7208
4	0.8193	0.7708	0.0913	0.7202	0.1021	0.6764	0.0599	-0.0541	0.1153	0.0987	-0.0894	0.1089	-0.0018	0.0019	0.0211	0.1251	-0.0139	0.0263	0.1281	-0.0015	0.1304	-35.2622	34.962	22.3109
5	1.0301	-1.2989	0.8808	1.7351	-0.8192	1.627	-0.2048	0.2115	-0.0519	0.2049	-0.0319	-0.0123	0.0605	0.26	0.2349	0.1323	0.0066	0.012	0.1956	0.0127	0.1205	-28.1204	34.3887	5.84
6	0.7335	1.1054	0.1312	1.8172	0.4686	0.433	-0.134	-0.0159	0.1572	-0.2133	0.1133	-0.0668	-0.102	0.0527	0.0238	0.1571	0.0038	-0.0057	0.1006	-0.0258	0.1573	-19.1901	63.1145	26.1463
7	1.0083	0.3012	0.4751	1.1316	-0.5046	0.8543	0.0158	-0.0844	0.0613	0.1559	-0.0132	0.2083	0.0148	-0.052	-0.0015	0.1397	-0.0032	0.045	0.1128	-0.0129	0.0945	-26.1966	46.3851	35.2172
8	1.6966	-0.2912	0.6815	2.0197	-0.2758	2.1109	0.0219	-0.2318	0.0628	0.2755	0.0223	-0.1142	0.1079	-0.1715	-0.0301	0.1389	0.0087	-0.0198	0.1262	-0.0017	0.0806	-16.8894	39.3335	40.6469
9	0.8927	0.6329	0.123	1.3497	0.6944	0.7652	-0.0625	0.0912	0.0872	-0.241	0.1274	0.0452	-0.0575	-0.0243	-0.0321	0.1409	-0.0089	0.0094	0.1096	0.0103	0.1281	-24.3137	52.2135	18.526
10	0.915	-0.4315	-0.6643	0.3757	0.1233	1.1866	-0.2316	-0.266	-0.0305	0.4306	-0.2244	-0.1028	-0.4221	-0.0864	0.3335	0.2156	0.0491	-0.0471	0.2096	0.0227	0.1205	-22.2313	47.1403	35.6421

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 429:483)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 484:677)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 678:762)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 763:805)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 900)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 429:483)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 484:677)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 678:762)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 763:805)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 900)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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