PDB-2xxu: Crystal structure of the GluK2 (GluR6) M770K LBD dimer in complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xxu

タイトル

Crystal structure of the GluK2 (GluR6) M770K LBD dimer in complex with glutamate

要素

GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / inhibitory postsynaptic potential / glutamate receptor activity / ubiquitin conjugating enzyme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T.

引用

ジャーナル: J.Neurosci. / 年: 2011
タイトル: Conformational Flexibility of the Ligand-Binding Domain Dimer in Kainate Receptor Gating and Desensitization
著者: Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T.

履歴

登録	2010年11月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月4日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xxu.cif.gz	221.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xxu.ent.gz	178 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xxu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xxu_validation.pdf.gz	450.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xxu_full_validation.pdf.gz	453 KB	表示
XML形式データ	2xxu_validation.xml.gz	25 KB	表示
CIF形式データ	2xxu_validation.cif.gz	37.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/2xxu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/2xxu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xxrSC 2xxtC 2xxvC 2xxwC 2xxxC 2xxyC 1s50 1s7y 1s9t 1sd3 1tt1 1yae 2i0b 2i0c C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2xxw-d 2xxx-2 3g3f-d 3ijx-2 3g3g-d 4bdq-d 2xxr-d 3g3k-d 4bdn-1 1mqd-4 2xx8-2 3m3l-1 3kei-1 3lsf-1 1m5e-2 4bdm-1 2xxv-d 5zg3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (13) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

B: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2

ヘテロ分子

59.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.266, 104.781, 114.204
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2 / GLUTAMATE RECEPTOR 6 / GLUR-6 / GLUR6 分子量: 29623.928 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PET21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42260
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 770 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, MET 770 TO LYS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % 解説: THE LONGER WAVELENGTH WAS USED TO LOCATE THE CHLORIDE IONS IN THIS STRUCTURE AND WAS NOT USED FOR STRUCTURE DETERMINATION.
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. 27% PEG 4000, 9% PROPAN-2-OL, 80MM SODIUM ACETATE

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.9795, 1.5498

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	1.5498	1

反射

解像度: 1.5→19.9 Å / Num. obs: 87370 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 17.72 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.9

反射シェル

解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XXR

2xxr

解像度: 1.5→19.898 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1891	4369	5 %
R_work	0.1694	-	-
obs	0.1704	87370	95.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.953 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.9334 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.4539 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4795 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.898 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3988	0	23	492	4503

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4098
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.036	5512
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.882	1522
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	614
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	692

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5171	0.3355	147	0.2571	2789	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5171-1.5349	0.2517	145	0.2378	2753	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5349-1.5536	0.2271	144	0.2215	2749	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5536-1.5733	0.2205	146	0.2184	2761	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5733-1.594	0.2332	147	0.2078	2790	X-RAY DIFFRACTION	96
1.594-1.6158	0.2325	143	0.2047	2722	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6158-1.6389	0.2303	144	0.1927	2745	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6389-1.6633	0.216	144	0.1887	2732	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6633-1.6893	0.1865	146	0.1852	2765	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6893-1.717	0.2003	143	0.1744	2733	X-RAY DIFFRACTION	96
1.717-1.7466	0.2043	144	0.1729	2737	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7466-1.7783	0.1848	144	0.1666	2721	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7783-1.8125	0.208	143	0.164	2727	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8125-1.8494	0.1977	144	0.1624	2725	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8494-1.8896	0.191	143	0.1592	2728	X-RAY DIFFRACTION	94
1.8896-1.9335	0.1994	144	0.166	2731	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9335-1.9819	0.1786	136	0.1746	2593	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9819-2.0354	0.1964	146	0.1605	2768	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0354-2.0952	0.1755	149	0.1493	2831	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0952-2.1628	0.1993	149	0.1545	2826	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1628-2.24	0.2032	147	0.1558	2803	X-RAY DIFFRACTION	98
2.24-2.3295	0.1818	150	0.1531	2845	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3295-2.4354	0.1759	148	0.1596	2803	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4354-2.5635	0.1741	148	0.1622	2815	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5635-2.7238	0.1779	149	0.1584	2830	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7238-2.9335	0.177	147	0.171	2801	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9335-3.2275	0.1848	148	0.1702	2803	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2275-3.692	0.1721	147	0.1661	2790	X-RAY DIFFRACTION	95
3.692-4.6417	0.1552	146	0.1448	2789	X-RAY DIFFRACTION	94
4.6417-19.8999	0.1957	148	0.1743	2796	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.003	0.5657	0.1836	1.0662	-0.1927	0.7841	-0.0683	0.0833	-0.1894	-0.0598	0.0142	0.0027	0.2238	-0.0562	-0	0.1286	-0.0279	0.0224	0.1215	0.0132	0.1679	-41.0288	24.2568	13.7955
2	1.4022	0.1089	-0.5873	1.3559	0.1015	1.374	-0.0569	0.0391	0.0546	-0.1418	0.045	0.0046	-0.0047	-0.0389	0	0.1147	-0.0224	-0.0108	0.0903	0.03	0.0881	-28.8188	38.1315	5.6939
3	2.3164	0.0508	-0.596	1.9215	0.7048	1.3044	-0.0027	0.179	-0.2279	-0.2607	-0.0017	-0.0855	-0.041	-0.04	-0.0001	0.1307	0.0041	0.0127	0.1233	-0.0089	0.1159	-18.537	32.9074	1.6569
4	0.5781	0.6832	0.3107	0.843	0.174	0.5081	0.0478	-0.1192	-0.0054	0.1617	-0.0944	0.04	0.0044	-0.0252	-0.0003	0.1244	-0.011	0.0274	0.1243	0.0215	0.1231	-35.0125	34.7175	21.9505
5	7.4527	-5.3078	-1.7137	4.7661	3.3401	4.9493	-0.0054	-0.0481	0.0485	-0.0074	-0.0104	0.0864	-0.0005	-0.0632	-0.03	0.1181	0.0192	0.0056	0.1666	0.0097	0.1601	-27.7042	35.0057	6.0279
6	0.8767	0.7101	-0.0081	1.429	0.4788	0.4601	-0.0815	-0.1092	0.1563	-0.1094	0.0604	-0.0475	-0.0714	-0.0143	0	0.1525	0.0147	-0.0216	0.1198	-0.0206	0.1504	-19.1449	62.6713	26.4791
7	1.5568	-0.0973	0.4333	0.95	-0.4533	0.8748	0.0191	-0.2367	-0.06	0.1123	-0.0147	0.1244	0.0199	-0.1335	-0.0001	0.1488	-0.01	0.0206	0.1649	-0.0037	0.0969	-25.9364	46.0178	35.5572
8	1.7029	-0.6387	0.5289	1.2988	-0.264	1.5148	-0.0836	-0.2965	-0.0587	0.165	0.0416	-0.1006	0.0016	-0.1633	0.0001	0.1574	0.0164	-0.0221	0.1773	0.0243	0.133	-16.7632	39.7704	40.9683
9	0.9226	0.8503	0.4872	1.3453	0.4843	0.5284	-0.0713	0.0998	-0.0216	-0.1863	0.0856	-0.0497	-0.0301	0.0443	-0.0002	0.1416	0.0086	-0.0019	0.1251	0.0071	0.1072	-23.6727	51.8641	18.93
10	2.3574	1.7233	2.0044	2.2213	1.9504	2.2693	-0.0879	-0.3404	-0.1908	0.239	-0.0434	0.1286	-0.0804	-0.1852	-0.1421	0.2172	0.0496	-0.0179	0.185	0.0188	0.1536	-22.8091	46.3596	35.4363

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 429:483)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 484:677)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 678:762)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 763:805)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 900)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 429:483)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 484:677)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 678:762)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 763:805)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 900)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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