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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xuj | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MACHE-Y337A-TZ2PA6 SYN COMPLEX (1 MTH) | ||||||
![]() | ACETYLCHOLINESTERASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / HYDROLASE FOLD / CLICK CHEMISTRY | ||||||
機能・相同性 | ![]() acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / positive regulation of dendrite morphogenesis / acetylcholine receptor signaling pathway / choline metabolic process / osteoblast development ...acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / positive regulation of dendrite morphogenesis / acetylcholine receptor signaling pathway / choline metabolic process / osteoblast development / acetylcholinesterase activity / positive regulation of axonogenesis / basement membrane / regulation of receptor recycling / side of membrane / synaptic cleft / laminin binding / collagen binding / synapse assembly / response to insulin / neuromuscular junction / receptor internalization / nuclear envelope / retina development in camera-type eye / presynaptic membrane / positive regulation of cold-induced thermogenesis / postsynaptic membrane / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bourne, Y. / Radic, Z. / Taylor, P. / Marchot, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Conformational Remodeling of Femtomolar Inhibitor-Acetylcholinesterase Complexes in the Crystalline State 著者: Bourne, Y. / Radic, Z. / Taylor, P. / Marchot, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 428.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 354.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 5
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59672.395 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 32-574 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-NAG / | #3: 化合物 | ChemComp-P6G / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | 配列の詳細 | EXPRESSED REGION 32-574 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM PEG-600 25-35% (V/V) IN 50-100 MM HEPES, PH 6.0-7.0, OR WITH PEG-550 MME 30% (V/V) IN 50 MM NA ACETATE, PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→20 Å / Num. obs: 59477 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 65.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 22.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1J06 解像度: 2.65→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 21.561 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.337 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.009 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→20 Å
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拘束条件 |
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