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- PDB-2xpj: Crystal structure of Physalis Mottle Virus with intact ordered RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xpj
タイトルCrystal structure of Physalis Mottle Virus with intact ordered RNA
要素
  • 5'-R(CP*CP*CP)-3'
  • COAT PROTEIN
キーワードVIRUS / PLANT RNA VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Tymovirus coat protein / Tymovirus coat protein / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種PHYSALIS MOTTLE VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Sagurthi, S.R. / Rajaram, V. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Natural Bottom Component of Phmv
著者: Sagurthi, S.R. / Rajaram, V. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
履歴
登録2010年8月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月8日Group: Other / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
C: COAT PROTEIN
D: 5'-R(CP*CP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8404
ポリマ－60,8404
非ポリマー00
水00
1
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
C: COAT PROTEIN
D: 5'-R(CP*CP*CP)-3'
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,650,422240
ポリマ－3,650,422240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
C: COAT PROTEIN
D: 5'-R(CP*CP*CP)-3'
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 304 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)304,20220
ポリマ－304,20220
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
C: COAT PROTEIN
D: 5'-R(CP*CP*CP)-3'
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 365 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,04224
ポリマ－365,04224
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)285.400, 288.360, 290.610
Angle α, β, γ (deg.)62.92, 65.30, 60.85
Int Tables number1
Space group name H-MP1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30902, -0.80902, 0.5), (0.80902, 0.5, 0.30902), (-0.5, 0.30902, 0.80902)
3generate(-0.80902, -0.5, 0.30902), (0.5, -0.30902, 0.80902), (-0.30902, 0.80902, 0.5)
4generate(-0.80902, 0.5, -0.30902), (-0.5, -0.30902, 0.80902), (0.30902, 0.80902, 0.5)
5generate(0.30902, 0.80902, -0.5), (-0.80902, 0.5, 0.30902), (0.5, 0.30902, 0.80902)
6generate(-1), (-1), (1)
7generate(-0.30902, -0.80902, 0.5), (0.80902, -0.5, -0.30902), (0.5, 0.30902, 0.80902)
8generate(0.30902, 0.80902, 0.5), (-0.80902, 0.5, -0.30902), (-0.5, -0.30902, 0.80902)
9generate(-0.30902, 0.80902, 0.5), (-0.80902, -0.5, 0.30902), (0.5, -0.30902, 0.80902)
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13generate(0.80902, -0.5, -0.30902), (0.5, 0.30902, 0.80902), (-0.30902, -0.80902, 0.5)
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16generate(-0.30902, -0.80902, -0.5), (0.80902, -0.5, 0.30902), (-0.5, -0.30902, 0.80902)
17generate(0.30902, -0.80902, -0.5), (0.80902, 0.5, -0.30902), (0.5, -0.30902, 0.80902)
18generate(-0.30902, 0.80902, -0.5), (-0.80902, -0.5, -0.30902), (-0.5, 0.30902, 0.80902)
19generate(0.5, -0.30902, -0.80902), (-0.30902, 0.80902, -0.5), (0.80902, 0.5, 0.30902)
20generate(-0.5, 0.30902, -0.80902), (0.30902, -0.80902, -0.5), (-0.80902, -0.5, 0.30902)
21generate(-0.80902, -0.5, -0.30902), (0.5, -0.30902, -0.80902), (0.30902, -0.80902, 0.5)
22generate(0.80902, 0.5, -0.30902), (-0.5, 0.30902, -0.80902), (-0.30902, 0.80902, 0.5)
23generate(0.80902, -0.5, 0.30902), (0.5, 0.30902, -0.80902), (0.30902, 0.80902, 0.5)
24generate(-0.80902, 0.5, 0.30902), (-0.5, -0.30902, -0.80902), (-0.30902, -0.80902, 0.5)
25generate(-0.5, -0.30902, 0.80902), (-0.30902, -0.80902, -0.5), (0.80902, -0.5, 0.30902)
26generate(0.5, 0.30902, 0.80902), (0.30902, 0.80902, -0.5), (-0.80902, 0.5, 0.30902)
27generate(1), (1), (1)
28generate(1), (1), (1)
29generate(-1), (1), (-1)
30generate(-1), (-1), (1)
31generate(-1), (-1), (1)
32generate(1), (-1), (-1)
33generate(-0.80902, -0.5, 0.30902), (-0.5, 0.30902, -0.80902), (0.30902, -0.80902, -0.5)
34generate(0.80902, -0.5, -0.30902), (-0.5, -0.30902, -0.80902), (0.30902, 0.80902, -0.5)
35generate(0.5, 0.30902, -0.80902), (-0.30902, -0.80902, -0.5), (-0.80902, 0.5, -0.30902)
36generate(-0.30902, -0.80902, -0.5), (-0.80902, 0.5, -0.30902), (0.5, 0.30902, -0.80902)
37generate(-0.80902, 0.5, -0.30902), (0.5, 0.30902, -0.80902), (-0.30902, -0.80902, -0.5)
38generate(-0.5, -0.30902, -0.80902), (0.30902, 0.80902, -0.5), (0.80902, -0.5, -0.30902)
39generate(-0.5, 0.30902, -0.80902), (-0.30902, 0.80902, 0.5), (0.80902, 0.5, -0.30902)
40generate(-1), (1), (-1)
41generate(-0.80902, 0.5, 0.30902), (0.5, 0.30902, 0.80902), (0.30902, 0.80902, -0.5)
42generate(0.80902, 0.5, -0.30902), (0.5, -0.30902, 0.80902), (0.30902, -0.80902, -0.5)
43generate(-0.30902, 0.80902, -0.5), (0.80902, 0.5, 0.30902), (0.5, -0.30902, -0.80902)
44generate(0.5, -0.30902, -0.80902), (0.30902, -0.80902, 0.5), (-0.80902, -0.5, -0.30902)
45generate(-0.80902, -0.5, -0.30902), (-0.5, 0.30902, 0.80902), (-0.30902, 0.80902, -0.5)
46generate(-0.30902, -0.80902, 0.5), (-0.80902, 0.5, 0.30902), (-0.5, -0.30902, -0.80902)
47generate(-0.30902, 0.80902, 0.5), (0.80902, 0.5, -0.30902), (-0.5, 0.30902, -0.80902)
48generate(1), (-1), (-1)
49generate(0.30902, 0.80902, -0.5), (0.80902, -0.5, -0.30902), (-0.5, -0.30902, -0.80902)
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54generate(-0.5, 0.30902, 0.80902), (-0.30902, 0.80902, -0.5), (-0.80902, -0.5, -0.30902)
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57generate(0.30902, 0.80902, 0.5), (0.80902, -0.5, 0.30902), (0.5, 0.30902, -0.80902)
58generate(0.80902, -0.5, 0.30902), (-0.5, -0.30902, 0.80902), (-0.30902, -0.80902, -0.5)
59generate(-0.5, -0.30902, 0.80902), (0.30902, 0.80902, 0.5), (-0.80902, 0.5, -0.30902)
60generate(0.5, 0.30902, 0.80902), (-0.30902, -0.80902, 0.5), (0.80902, -0.5, -0.30902)

-
要素

#1: タンパク質 COAT PROTEIN


分子量: 19989.924 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PLANT VIRUS / 由来: (天然) PHYSALIS MOTTLE VIRUS (ウイルス) / 参照: UniProt: P36351
#2: RNA鎖 5'-R(CP*CP*CP)-3'


分子量: 870.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶解説: NONE
結晶化pH: 5.6
詳細: 0.5M SODIUM ACETATE, 10 MM DITHIOTHRETOL, 2 MM CALCIUM CHLORIDE, 3 % PEG 6000, pH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.548
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年6月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.548 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→30 Å / Num. obs: 767743 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / % possible all: 80

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
AUTOMARデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AUY

1auy


解像度: 3.4→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RESIDUE B GLN 23 AND RESIDUE B SER 29 ARE NOT LINKED C-N BOND DISTANCE IS 8.14A.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3112 6502 0.7 %RANDOM
Rwork0.308 ---
obs0.308 661209 69.1 %-
溶媒の処理Bsol: 28.6993 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.176 Å28.172 Å2-15.717 Å2
2---8.01 Å2-4.997 Å2
3---14.186 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3944 57 0 0 4001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008263
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5448
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / Total num. of bins used: 10
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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