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- PDB-1auy: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1auy
タイトルTURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS
要素TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS
キーワードVIRUS / PLANT VIRUS / CAPSID PROTEIN / COAT PROTEIN / JELLYROLL / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Tymovirus coat protein / Tymovirus coat protein / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Turnip yellow mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / MOLECULAR REPLACEMENT/MIR / 解像度: 3 Å
データ登録者Canady, M.A. / Larson, S.B. / Day, J. / McPherson, A.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of turnip yellow mosaic virus.
著者: Canady, M.A. / Larson, S.B. / Day, J. / McPherson, A.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1995
タイトル: Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Crystals of Turnip Yellow Mosaic Virus (Tymv)
著者: Canady, M.A. / Day, J. / McPherson, A.
履歴
登録1997年9月7日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS
B: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS
C: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5083
ポリマ－60,5083
非ポリマー00
水00
1
A: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS
B: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS
C: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,630,471180
ポリマ－3,630,471180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS
B: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS
C: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 303 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,53915
ポリマ－302,53915
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS
B: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS
C: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 363 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)363,04718
ポリマ－363,04718
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS
B: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS
C: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS
x 15


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 908 kDa, 45 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)907,61845
ポリマ－907,61845
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation14
単位格子
Length a, b, c (Å)515.500, 515.500, 309.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.80901699, -0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, 0.5), (-0.30901699, -0.5, 0.80901699)128.875, -208.52413, 79.64913
3generate(-0.30901699, -0.5, -0.80901699), (0.5, -0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, -0.30901699, 0.5)337.39913, -128.875, 208.52413
4generate(-0.30901699, 0.5, -0.80901699), (-0.5, -0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, 0.5)337.39913, 128.875, 208.52413
5generate(0.5, 0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, -0.5), (-0.30901699, 0.5, 0.80901699)128.875, 208.52413, 79.64913
6generate(-0.80901699, -0.30901699, -0.5), (-0.30901699, -0.5, 0.80901699), (-0.5, 0.80901699, 0.30901699)466.27413, 79.64913, 128.875
7generate(-0.5, 0.80901699, -0.30901699), (-0.80901699, -0.30901699, 0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699)386.625, 208.52413, -79.64913
8generate(0.5, 0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, 0.5), (0.30901699, -0.5, 0.80901699)128.875, 208.52413, -79.64913
9generate(0.80901699, -0.30901699, 0.5), (-0.30901699, 0.5, 0.80901699), (-0.5, -0.80901699, 0.30901699)49.22587, 79.64913, 128.875
10generate(-1), (1), (-1)257.75, 257.75
11generate(0.80901699, -0.30901699, -0.5), (0.30901699, -0.5, 0.80901699), (-0.5, -0.80901699, -0.30901699)49.22587, -79.64913, 128.875
12generate(0.30901699, -0.5, -0.80901699), (-0.5, -0.80901699, 0.30901699), (-0.80901699, 0.30901699, -0.5)178.10087, 128.875, 208.52413
13generate(-1), (-1), (1)257.75, 257.75
14generate(0.30901699, 0.5, -0.80901699), (-0.5, 0.80901699, 0.30901699), (0.80901699, 0.30901699, 0.5)178.10087, 128.875, -208.52413
15generate(0.80901699, 0.30901699, -0.5), (0.30901699, 0.5, 0.80901699), (0.5, -0.80901699, 0.30901699)49.22587, -79.64913, -128.875

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要素

#1: タンパク質 TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS / TYMV


分子量: 20169.281 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Turnip yellow mosaic virus (ウイルス)
属: Tymovirus / 生物種 (発現宿主): Brassica rapa / 発現宿主: Brassica rapa subsp. chinensis (カブラ) / 株 (発現宿主): DAVIS CALIFORNIA / 参照: UniProt: P03608
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 20

-
試料調製

結晶解説: CCMV WAS USED TO GENERATE INITIAL PHASES WHICH WERE THEN USED TO LOCATE HEAVY ATOM SITES.
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.7
詳細: 1.11 M AMMONIUM PHOSPHATE 100 MM MES PH 3.7 HANGING DROP, vapor diffusion - hanging drop
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.11-1.15 Mammonium phosphate1reservoir
2100 mMMES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.15
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1994年10月1日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.15 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 348694 / % possible obs: 73.7 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rsym value: 0.105
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / % possible all: 4.7
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.105

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: MOLECULAR REPLACEMENT/MIR
開始モデル: COWPEA CHLOROTIC MOTTLE VIRUS (CCMV)

解像度: 3→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 23586 10.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.187 232638 52 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.32 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4045 0 0 0 4045
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.62
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4.281.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it6.952
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it8.662
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it13.132.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 361 10.3 %
Rwork0.33 3140 -
obs--4.7 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PR
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.62
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.36 / Rfactor Rwork: 0.33

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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