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万見
- PDB-1qjz: Three Dimensional Structure of Physalis Mottle Virus : Implicatio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qjz
タイトルThree Dimensional Structure of Physalis Mottle Virus : Implications for the Viral Assembly
要素COAT PROTEIN
キーワードVIRUS / COAT PROTEIN (VIRAL) / ICOSAHEDRAL VIRUS / CAPSID PROTEIN / VIRION
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Tymovirus coat protein / Tymovirus coat protein / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種PHYSALIS MOTTLE VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Krishna, S.S. / Hiremath, C.N. / Munshi, S.K. / Prahadeeswaran, D. / Sastri, M. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Three Dimensional Structure of Physalis Movirus: Implications for the Viral Assembly
著者: Krishna, S.S. / Hiremath, C.N. / Munshi, S.K. / Prahadeeswaran, D. / Sastri, M. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Identification of a Discrete Intermediate in the Assembly/Disassembly of Physalis Mottle Tymovirus Through Mutational Analysis
著者: Sastri, M. / Reddy, S. / Krishna, S.S. / Murthy, M.R.N. / Savithri, H.S.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Assembly of Physalis Mottle Virus Capsid Protein in Escherichia Coli and the Role of Amino and Carboxy Termini in the Formation of the Icosahedral Particles
著者: Sastri, M. / Kekuda, R. / Gopinath, K. / Kumar, C.T.R. / Jagath, J.R. / Savithri, H.S.
#3: ジャーナル: Virology / 年: 1993
タイトル: Architecture of Physalis Mottle Tymovirus as Probed by Monoclonal Antibodies and Cross-Linking Studies
著者: Kekuda, R. / Karande, A.A. / Jacob, A.N.K. / Savithri, H.S.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1990
タイトル: Structure of Belladonna Mottle Virus: Cross Rotation Function Studies with Southern Bean Mosaic Virus
著者: Hiremath, C.N. / Munshi, S.K. / Murthy, M.R.N.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Primary Structure of Belladonna Mottle Virus Coat Protein
著者: Suryanarayana, S. / Rao, N.A. / Murthy, M.R.N. / Savithri, H.S.
#6: ジャーナル: J.Gen.Virol. / 年: 1987
タイトル: Stability of Belladonna Mottle Virus Particles: The Role of Polyamines and Calcium
著者: Savithri, H.S. / Munshi, S.K. / Suryanarayana, S. / Divakar, S. / Murthy, M.R.N.
#7: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1987
タイトル: Symmetry of Belladonna Mottle Virus: Rotation Function Studies
著者: Munshi, S.K. / Hiremath, C.N. / Murthy, M.R.N. / Savithri, H.S.
履歴
登録1999年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.01999年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月30日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: diffrn_detector / struct / Item: _diffrn_detector.detector / _struct.title
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
C: COAT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9703
ポリマ－59,9703
非ポリマー00
水00
1
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
C: COAT PROTEIN
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,598,186180
ポリマ－3,598,186180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
C: COAT PROTEIN
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 300 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,84915
ポリマ－299,84915
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
C: COAT PROTEIN
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 360 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,81918
ポリマ－359,81918
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)294.650, 294.650, 294.650
Angle α, β, γ (deg.)59.91, 59.91, 59.91
Int Tables number146
Space group name H-MR3
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 COAT PROTEIN / VIRION PROTEIN


分子量: 19989.924 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PHYSALIS MOTTLE VIRUS (ウイルス) / 株: IOWA / 参照: UniProt: P36351

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 48

-
試料調製

結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.60
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
130-40 mg/mlvirus1drop
22 mMdithiothreitol1drop
30.1 Msodium citrate1drop
42.5 %PEG60001reservoirinner well
510 %PEG60001reservoirouter well

-
データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418
検出器検出器: OSCILLATION CAMERA / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→60 Å / Num. obs: 137259 / % possible obs: 40 % / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AUY

1auy


解像度: 3.8→10 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.326 --
obs0.326 85644 40 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4038 0 0 0 4038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.35
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: STRICT
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.35
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.8 Å / 最低解像度: 3.96 Å / Rfactor Rwork: 0.42 / Num. reflection obs: 5434

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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