[日本語] English
万見
- PDB-1w39: Crystal structure of an artificial top component of turnip yellow... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w39
タイトルCrystal structure of an artificial top component of turnip yellow mosaic virus
要素TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS EMPTY CAPSID
キーワードVIRUS / ARTIFICIAL TOP COMPONENT / CAPSID PROTEIN / TYMV / VIRUS/VIRAL PROTEIN / ICOSAHEDRAL VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Tymovirus coat protein / Tymovirus coat protein / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者van Roon, A.M.M. / Bink, H.H.J. / Plaisier, J.R. / Pleij, C.W.A. / Abrahams, J.P. / Pannu, N.S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of an Empty Capsid of Turnip Yellow Mosaic Virus.
著者: Van Roon, A.M.M. / Bink, H.H.J. / Plaisier, J.R. / Pleij, C.W.A. / Abrahams, J.P. / Pannu, N.S.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of Turnip Yellow Mosaic Virus
著者: Canady, M.A. / Larson, S.B. / Day, J. / McPherson, A.
履歴
登録2004年7月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月9日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS EMPTY CAPSID
B: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS EMPTY CAPSID
C: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS EMPTY CAPSID


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4303
ポリマ－60,4303
非ポリマー00
水00
1
A: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS EMPTY CAPSID
B: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS EMPTY CAPSID
C: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS EMPTY CAPSID
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,625,784180
ポリマ－3,625,784180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS EMPTY CAPSID
B: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS EMPTY CAPSID
C: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS EMPTY CAPSID
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 302 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,14915
ポリマ－302,14915
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS EMPTY CAPSID
B: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS EMPTY CAPSID
C: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS EMPTY CAPSID
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 363 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)362,57818
ポリマ－362,57818
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS EMPTY CAPSID
B: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS EMPTY CAPSID
C: TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS EMPTY CAPSID
x 5


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 302 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,14915
ポリマ－302,14915
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation4
単位格子
Length a, b, c (Å)688.457, 688.457, 688.457
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, 0.309017, 0.809017), (0.309017, 0.809017, -0.5), (-0.809017, 0.5, 0.309017)-212.7449, 131.48358, -5.0E-5
3generate(-0.309017, 0.809017, 0.5), (0.809017, 0.5, -0.309017), (-0.5, 0.309017, -0.809017)-278.48673, 172.11427, 237.85597
4generate(-0.309017, 0.809017, -0.5), (0.809017, 0.5, 0.309017), (0.5, -0.309017, -0.809017)-106.37252, 65.74183, 384.85912
5generate(0.5, 0.309017, -0.809017), (0.309017, 0.809017, 0.5), (0.809017, -0.5, 0.309017)65.74175, -40.63064, 237.85605

-
要素

#1: タンパク質 TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS EMPTY CAPSID


分子量: 20143.244 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
詳細: COAT PROTEIN WAS REPORTED TO BE ACETYLATED AT THE N-TERMINUS OF CHAINS A, B, AND C, BUT NO N-TERMINAL ACETYL GROUP WAS OBSERVED
由来: (天然) TURNIP YELLOW MOSAIC VIRUS (ウイルス) / 参照: UniProt: P03608
配列の詳細RESIDUES 1-9 AND 16-26 OF CHAIN A WERE NOT OBSERVED IN THE ELECTRON DENSITY MAPS AND THEREFORE NOT MODELED

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 11.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 89.1 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 1.16 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 4.5, SITTING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(311) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.75→25 Å / Num. obs: 140727 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 36.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 3.75→3.88 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AUY

1auy


解像度: 3.75→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2508 7052 5 %RANDOM
Rwork0.2453 ---
obs0.2453 140727 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.78 Å0.78 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.75→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4094 0 0 0 4094
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008294
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.48397
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: STRICT
LS精密化 シェル解像度: 3.75→3.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 1183 5.1 %
Rwork0.286 21924 -
obs--99.8 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る