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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xl2 | ||||||
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タイトル | WDR5 IN COMPLEX WITH AN RBBP5 PEPTIDE RECRUITED TO NOVEL SITE | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / MLL COMPLEX / H3K4 METHYLATION / WD-40 BETA-PROPELLER | ||||||
機能・相同性 | ![]() Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / HATs acetylate histones / PKMTs methylate histone lysines / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RMTs methylate histone arginines / Neddylation / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / ATAC complex ...Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / HATs acetylate histones / PKMTs methylate histone lysines / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RMTs methylate histone arginines / Neddylation / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / regulation of tubulin deacetylation / histone methyltransferase complex / regulation of cell division / regulation of embryonic development / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / positive regulation of gluconeogenesis / methylated histone binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / skeletal system development / gluconeogenesis / mitotic spindle / response to estrogen / neuron projection development / histone binding / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Odho, Z. / Southall, S.M. / Wilson, J.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterisation of a Novel Wdr5 Binding Site that Recruits Rbbp5 Through a Conserved Motif and Enhances Methylation of H3K4 by Mll1. 著者: Odho, Z. / Southall, S.M. / Wilson, J.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 473.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 482.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.993557, 0.002602, 0.113304), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36635.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1541.524 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 369-381 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | NON NATIVE TYROSINE AT AMINO TERMINUS | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: 0.1 M TRIS HCL PH 8.0, 25% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月10日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→59.5 Å / Num. obs: 23706 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 31.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2H13 解像度: 2.4→43.695 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 27.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.721 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.695 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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