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- PDB-2xko: Crystal structure of the complex of NtcA with its transcriptional... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xko
タイトルCrystal structure of the complex of NtcA with its transcriptional co- activator PipX
要素
  • GLOBAL NITROGEN REGULATOR
  • PIPX
キーワードTRANSCRIPTION / NITROGEN ASSIMILATION / CRP/FNR SUPERFAMILY / 2-OXOGLUTARATE / GLOBAL NITROGEN CONTROLLER
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function (DUF3539) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #870 / PII-interacting protein X, cyanobacteria / PII-interacting protein X / Transcription regulator, NtcA / : / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / Crp-like helix-turn-helix domain ...Protein of unknown function (DUF3539) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #870 / PII-interacting protein X, cyanobacteria / PII-interacting protein X / Transcription regulator, NtcA / : / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / SH3 type barrels. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / Global nitrogen regulator / PipX
類似検索 - 構成要素
生物種SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Llacer, J.L. / Castells, M.A. / Rubio, V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural Basis for the Regulation of Ntca-Dependent Transcription by Proteins Pipx and Pii.
著者: Llacer, J.L. / Espinosa, J. / Castells, M.A. / Contreras, A. / Forchhammer, K. / Rubio, V.
履歴
登録2010年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLOBAL NITROGEN REGULATOR
B: GLOBAL NITROGEN REGULATOR
C: PIPX
D: PIPX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0986
ポリマ－70,8064
非ポリマー2922
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9610 Å2
ΔGint-44.7 kcal/mol
Surface area27310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.020, 52.020, 227.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 222
2111B1 - 222
1121C1 - 89
2121D1 - 89

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.0004, 1), (1, 0.0004, 0.0007), (0.0007, -1)-26.0092, 26.0024, 0.0727
2given(0.001, 1, 0.0007), (1, 0.001, 0.0005), (0.0005, 0.0007, -1)-25.9893, 25.9983, 0.0873

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要素

#1: タンパク質 GLOBAL NITROGEN REGULATOR / NTCA


分子量: 24862.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
株: PCC 7942 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P29283
#2: タンパク質 PIPX


分子量: 10540.987 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
株: PCC 7942 / プラスミド: PTRC99A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7X386
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: NTCA-PIPX COMPLEX WAS IN 50 MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 0.5 M NACL, 5 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 50 MM ARGININE HYDROCHLORIDE, 50 MM NA L-GLUTAMATE, AND 10 MM 2-OXOGLUTARATE. CRYSTALLIZATION ...詳細: NTCA-PIPX COMPLEX WAS IN 50 MM SODIUM CITRATE PH 6.5, 0.5 M NACL, 5 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 50 MM ARGININE HYDROCHLORIDE, 50 MM NA L-GLUTAMATE, AND 10 MM 2-OXOGLUTARATE. CRYSTALLIZATION SOLUTION: 50 MM MES PH 5.5, 1M SODIUM MALONATE 10 MM MANGANESE CHLORIDE, 2% MPD, 5% DMSO.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 1.007
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→56.89 Å / Num. obs: 28245 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 36.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XHK

2xhk


解像度: 2.25→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 15.998 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.412 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORDS CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24533 1420 5 %RANDOM
Rwork0.21413 ---
obs0.2157 26813 98.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.677 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4744 0 20 100 4864
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224936
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4191.9746668
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89638424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7935610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.47422.773238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.91115898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1871552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2758
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021076
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6171.52986
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1321.51210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17124822
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.81331950
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9994.51834
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2884tight positional0.010.05
12B2884tight positional0.010.05
21C1258tight positional0.010.05
22D1258tight positional0.010.05
11A2884tight thermal0.050.5
12B2884tight thermal0.050.5
21C1258tight thermal0.050.5
22D1258tight thermal0.050.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.466 76 -
Rwork0.426 1755 -
obs--88.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.28250.4544-0.98461.6162-0.06562.1374-0.07240.1134-0.0662-0.1008-0.09020.1589-0.0122-0.21060.16260.15020.0241-0.01720.0694-0.05790.061-4.20827.206-10.773
24.651-2.7466-2.08364.02391.63322.8032-0.1381-0.0007-0.51760.19190.00710.27450.23910.00590.13110.1099-0.03990.00220.2578-0.08010.1761-21.19437.36417.753
31.58620.43310.24753.2021.07342.216-0.0774-0.1025-0.15560.1174-0.0810.05110.2075-0.0090.15840.07160.02330.0630.1590.0190.0611.20121.80210.796
44.0877-2.7-1.57674.40881.98352.6452-0.02120.1825-0.3042-0.0091-0.14580.4963-0.0077-0.29030.16690.2578-0.03540.06660.1209-0.00560.170811.2154.806-17.691
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 222
2X-RAY DIFFRACTION2C4 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3B11 - 222
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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