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万見
- PDB-4k50: Rhinovirus 16 polymerase elongation complex (r1_form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k50
タイトルRhinovirus 16 polymerase elongation complex (r1_form)
要素
  • RNA (33-MER)
  • RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')
  • RNA polymerase 3D-POL
キーワードTransferase/rna / polymerase / RNA-dependent RNA polymerase / protein-RNA complex / Transferase-rna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A ...Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / RNA / RNA (> 10) / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human rhinovirus A16 (ライノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Gong, P. / Peersen, O.B.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structures of coxsackievirus, rhinovirus, and poliovirus polymerase elongation complexes solved by engineering RNA mediated crystal contacts.
著者: Gong, P. / Kortus, M.G. / Nix, J.C. / Davis, R.E. / Peersen, O.B.
履歴
登録2013年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase 3D-POL
B: RNA (33-MER)
C: RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')
E: RNA polymerase 3D-POL
F: RNA (33-MER)
G: RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')
I: RNA polymerase 3D-POL
J: RNA (33-MER)
K: RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')
M: RNA polymerase 3D-POL
N: RNA (33-MER)
O: RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,43838
ポリマ－272,76712
非ポリマー1,67126
水7,350408
1
A: RNA polymerase 3D-POL
B: RNA (33-MER)
C: RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,73411
ポリマ－68,1923
非ポリマー5428
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7430 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area25780 Å2
手法PISA
2
E: RNA polymerase 3D-POL
F: RNA (33-MER)
G: RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5469
ポリマ－68,1923
非ポリマー3546
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7120 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area25660 Å2
手法PISA
3
I: RNA polymerase 3D-POL
J: RNA (33-MER)
K: RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,78912
ポリマ－68,1923
非ポリマー5979
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7410 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area25890 Å2
手法PISA
4
M: RNA polymerase 3D-POL
N: RNA (33-MER)
O: RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3696
ポリマ－68,1923
非ポリマー1773
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area25960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.750, 113.893, 122.600
Angle α, β, γ (deg.)90.010, 90.490, 90.000
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AEIM

#1: タンパク質
RNA polymerase 3D-POL / Genome polyprotein


分子量: 52344.035 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 1694-2153 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human rhinovirus A16 (ライノウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q82122, RNA-directed RNA polymerase

-
RNA鎖 , 2種, 8分子 BFJNCGKO

#2: RNA鎖
RNA (33-MER)


分子量: 11283.772 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: RNA鎖
RNA (5'-R(P*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*A)-3')


分子量: 4563.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 434分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物...
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.16 M ammonium sulfate, 0.08 M sodium acetate, pH 4.6, 20% (w/v) PEG 4000, and 20% (v/v) glycerol and directly frozen , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→49.07 Å / Num. obs: 61473 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.98 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 5.1 / Scaling rejects: 919
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.93-3.031.980.4381.61228361651.2498.3
3.03-3.161.970.362.11226661591.2198.4
3.16-3.31.980.2912.61212960911.198.6
3.3-3.471.970.2562.91221961521.0698.6
3.47-3.691.970.2063.7122856189198.5
3.69-3.981.970.1624.71212961160.9798.4
3.98-4.381.970.1236.31230262000.9398.7
4.38-5.011.980.1067.31227461520.9298.8
5.01-6.311.990.1097.11235761820.9498.7
6.31-49.071.990.05913.11216260670.8897.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
d*TREK9.9.9.1Lデータ削減
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.93→45.303 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.792 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2474 3069 5.01 %
Rwork0.1907 --
obs0.1935 61310 98.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 162.75 Å2 / Biso mean: 37.7811 Å2 / Biso min: 9.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.93→45.303 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14740 3928 111 408 19187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00919579
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18727362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0523173
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072784
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7887792
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.93-2.97580.38081300.31992667279798
2.9758-3.02460.37251220.30632596271898
3.0246-3.07670.42971420.30082677281998
3.0767-3.13270.35641360.28372658279498
3.1327-3.19290.31781530.26172626277998
3.1929-3.25810.3781450.25392616276198
3.2581-3.32890.31921450.24262670281598
3.3289-3.40630.30911470.24282652279998
3.4063-3.49140.27141450.22012633277898
3.4914-3.58580.31031480.21862694284299
3.5858-3.69130.2621360.20662608274498
3.6913-3.81040.22561000.18452750285098
3.8104-3.94650.24961540.1792584273898
3.9465-4.10440.2231360.16452666280298
4.1044-4.2910.211580.15292614277299
4.291-4.51710.18751360.14492699283598
4.5171-4.79980.17921430.13952632277599
4.7998-5.16990.19121440.14432675281999
5.1699-5.68930.21621530.15082622277599
5.6893-6.51050.22121350.16452673280899
6.5105-8.19460.18361310.15942658278998
8.1946-45.30850.1731300.15832571270195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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