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- PDB-3a0r: Crystal structure of histidine kinase ThkA (TM1359) in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a0r
タイトルCrystal structure of histidine kinase ThkA (TM1359) in complex with response regulator protein TrrA (TM1360)
要素
  • Response regulator
  • Sensor protein
キーワードTRANSFERASE / four helix bundle / PAS fold / Kinase / Phosphoprotein / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / Transcriptional regulatory protein WalR-like / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. ...Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / Transcriptional regulatory protein WalR-like / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / CheY-like superfamily / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / Response regulator / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / histidine kinase / Response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Yamada, S. / Sugimoto, H. / Kobayashi, M. / Ohno, A. / Nakamura, H. / Shiro, Y.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structure of PAS-linked histidine kinase and the response regulator complex
著者: Yamada, S. / Sugimoto, H. / Kobayashi, M. / Ohno, A. / Nakamura, H. / Shiro, Y.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The signaling pathway in histidine kinase and the response regulator complex revealed by X-ray crystallography and solution scattering
著者: Yamada, S. / Akiyama, S. / Sugimoto, H. / Kumita, H. / Ito, K. / Fujisawa, T. / Nakamura, H. / Shiro, Y.
履歴
登録2009年3月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 650HELIX Determination method: Author determined
Remark 700SHEET Determination method: Author determined

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein
B: Response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7213
ポリマ－54,5202
非ポリマー2011
水00
1
A: Sensor protein
B: Response regulator
ヘテロ分子

A: Sensor protein
B: Response regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,4416
ポリマ－109,0404
非ポリマー4012
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area8360 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area49610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.594, 110.594, 352.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein / Histidine kinase ThkA


分子量: 40999.023 Da / 分子数: 1 / 断片: PAS, catalytic domain, DHp domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM_1359 / プラスミド: pRSETA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus RIL / 参照: UniProt: Q9X180, histidine kinase
#2: タンパク質 Response regulator / TrrA


分子量: 13520.953 Da / 分子数: 1 / Mutation: L89M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM_1360 / プラスミド: pRSETA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus RIL / 参照: UniProt: Q9X181
#3: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1M Bis-Tris-propane pH 7.0, 1.8M sodium acetate, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.97890, 1.00551, 1.00855, 0.99240
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月4日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97891
21.005511
31.008551
40.99241
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 11189 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 136.94 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 3.8→3.89 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.362 / % possible all: 85.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 280.799 / SU ML: 1.447 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.862
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. IN THE INITIAL MODEL BUILDING OF THIS ENTRY (3A0R), THE HIGH RESOLUTION STRUCTURES OF THE FOLLOWING FOUR STRUCTURAL PARTS WERE USED AS A ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. IN THE INITIAL MODEL BUILDING OF THIS ENTRY (3A0R), THE HIGH RESOLUTION STRUCTURES OF THE FOLLOWING FOUR STRUCTURAL PARTS WERE USED AS A STARTING MODEL: PAS DOMAIN (3A0S), DHP DOMAIN (2C2A), CA DOMAIN (3A0T) OF THKA , AND RESPONSE REGULATOR TRRA (3A0U). THESE MODELS WERE FITTED INTO THE 3.8 A RESOLUTION MAP THAT WAS EXPERIMENTALLY OBTAINED BY MAD PHASING, AND THEN INDIVIDUAL ATOMS WERE REFINED. AMONG THESE FOUR STRUCTURAL PARTS IN THE THKA/TRRA COMPLEX, TRRA SHOWS A VERY WEAK ELECTRON DENSITY. THE LOOPS BETA1-ALPHA1, BETA2-ALPHA2, ALPHA2-BETA3, ALPHA3-BETA4 OF TRRA ARE COMPLETELY DISORDERED. THE ALPHA4 AND STRANDS BETA1, BETA2, BETA3 OF TRRA SHOW AMBIGUOUS ELECTRON DENSITY. THE DENSITY FOR THE LOOP ALPHA6-ALPHA7 OF THE DHP DOMAIN IS NOT WELL-DEFINED. THE ATOMIC MODEL OF THESE REGIONS IS NOT ACCURATELY MODELED. THE ATP-LID REGION OF THE CA DOMAIN COULD NOT BE BUILT DUE TO DISORDER, BECAUSE IT DOES NOT HAVE STABLE CONFORMATION IN THE ABSENCE OF THE NUCLEOTIDE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.37098 544 5 %RANDOM
Rwork0.35 ---
obs0.35094 10381 98.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 172.25 Å2 / Biso mean: 164.727 Å2 / Biso min: 121.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.63 Å20 Å20 Å2
2--15.63 Å20 Å2
3----31.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3708 0 1 0 3709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223767
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.9815059
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.945446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.21624.545187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.44715755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6171528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.21833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.22475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2165
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.030.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0811.52326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.14923643
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.15231626
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.2434.51416
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.8→3.895 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 34 -
Rwork0.467 670 -
obs--94.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
125.64396.6955-2.197310.2492-3.240318.81981.36520.5510.82111.11810.10641.3261-2.9661-0.5021-1.4716-2.63570.50660.2373-0.04150.137-1.61473.033412.0644-39.0148
215.6584.00944.839710.9616-2.91176.70480.74641.2093-0.00291.417-1.3247-1.5637-0.86240.90110.57830.76450.50020.63790.5957-0.4634-2.210624.799219.1833-3.2414
329.636-1.68660.264818.43244.180147.4399-0.6345-0.0381-1.0938-0.96281.2935-0.02674.16912.8779-0.659-3.10980.63390.0637-2.39620.0854-1.574831.68113.4361-19.8241
420.2695-1.82939.68948.270213.188829.0333-1.19841.032.33641.5502-0.91211.0871-2.38860.26442.11050.6618-0.6975-0.0407-1.25160.37290.922818.115134.5083-21.573
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A415 - 519
2X-RAY DIFFRACTION2A520 - 600
3X-RAY DIFFRACTION3A604 - 755
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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