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- PDB-2xhe: Crystal structure of the Unc18-syntaxin 1 complex from Monosiga b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xhe
タイトルCrystal structure of the Unc18-syntaxin 1 complex from Monosiga brevicollis
要素
  • SYNTAXIN1
  • UNC18
キーワードEXOCYTOSIS / EXOCYTOSIS COMPLEX / SNARE / NEURO FUSION / SM PROTEIN / CHOANOFLAGELLATES
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle docking / SNAP receptor activity / SNARE complex / vesicle fusion / vesicle docking involved in exocytosis / syntaxin binding / exocytosis / vesicle-mediated transport / endomembrane system / SNARE binding ...vesicle docking / SNAP receptor activity / SNARE complex / vesicle fusion / vesicle docking involved in exocytosis / syntaxin binding / exocytosis / vesicle-mediated transport / endomembrane system / SNARE binding / secretory granule / intracellular protein transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #60 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #70 / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 2 / Syntaxin Binding Protein 1; Chain A, domain 2 / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3a / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 1 / Sec1-like, domain 1 / Sec1-like protein / Sec1-like, domain 2 / Sec1-like superfamily ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #60 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #70 / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 2 / Syntaxin Binding Protein 1; Chain A, domain 2 / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 3a / Sec1/Munc18 (SM) protein, domain 1 / Sec1-like, domain 1 / Sec1-like protein / Sec1-like, domain 2 / Sec1-like superfamily / Sec1-like, domain 3a / Sec1 family / Syntaxin / Syntaxin N-terminal domain / Syntaxin, N-terminal domain / SNARE domain / Syntaxin / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
t-SNARE coiled-coil homology domain-containing protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種MONOSIGA BREVICOLLIS (立襟鞭毛虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Burkhardt, P. / Stegmann, C.M. / Wahl, M.C. / Fasshauer, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Primordial Neurosecretory Apparatus Identified in the Choanoflagellate Monosiga Brevicollis.
著者: Burkhardt, P. / Stegmann, C.M. / Cooper, B. / Kloepper, T.H. / Imig, C. / Varoqueaux, F. / Wahl, M.C. / Fasshauer, D.
履歴
登録2010年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月14日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UNC18
B: SYNTAXIN1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,9772
ポリマ－103,9772
非ポリマー00
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-19.8 kcal/mol
Surface area36850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.200, 146.200, 214.861
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 UNC18


分子量: 71997.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MONOSIGA BREVICOLLIS (立襟鞭毛虫)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9V0L3
#2: タンパク質 SYNTAXIN1


分子量: 31979.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MONOSIGA BREVICOLLIS (立襟鞭毛虫)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9UTG5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 7.5% PEG-6000, 0.1 M TRIS-HCL PH 7.0, 4.25% MPD, 15% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0385
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0385 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 34089 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 75.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3C98

3c98


解像度: 2.8→34.6 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 23.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2503 1726 5.1 %
Rwork0.1879 --
obs0.191 34041 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.777 Å2 / ksol: 0.286 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.8979 Å20 Å20 Å2
2---9.8979 Å20 Å2
3---19.7957 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→34.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6267 0 0 48 6315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076358
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0698570
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0732421
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075971
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041120
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.88240.30981410.27852641X-RAY DIFFRACTION100
2.8824-2.97540.33031560.23222617X-RAY DIFFRACTION100
2.9754-3.08170.28151320.21562634X-RAY DIFFRACTION100
3.0817-3.2050.26291520.20912656X-RAY DIFFRACTION100
3.205-3.35070.291400.20222645X-RAY DIFFRACTION100
3.3507-3.52720.2961460.20412656X-RAY DIFFRACTION100
3.5272-3.74790.23991510.18682664X-RAY DIFFRACTION100
3.7479-4.03690.25561460.17872671X-RAY DIFFRACTION100
4.0369-4.44240.2131260.15522716X-RAY DIFFRACTION100
4.4424-5.08350.22381440.15192721X-RAY DIFFRACTION100
5.0835-6.39810.23991450.18552760X-RAY DIFFRACTION100
6.3981-34.60480.2281470.17732934X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5091-1.02160.00593.0537-0.11770.2119-0.28930.3242-0.2213-0.63320.33990.16340.7089-0.1265-0.00411.1601-0.56760.08410.5409-0.13240.32770.2382-65.10540.2208
23.17441.8773-0.13734.06711.1970.5992-0.28620.568-0.4413-1.02020.3814-0.16450.4123-0.3982-0.07070.8695-0.421-0.09370.67490.06140.3253-3.9215-38.8999-4.6076
32.31081.769-1.38992.5159-1.1663.09380.0364-0.01750.2099-0.03550.04790.14010.152-0.1378-0.050.3559-0.09980.05110.2519-0.07670.31934.9819-30.728920.7622
40.51560.09210.05643.3962-0.23111.8195-0.21790.14190.2476-0.42040.28120.42570.4662-0.4265-0.10020.4869-0.3095-0.10550.52550.13450.2938-6.7206-31.642.7672
50.73850.4948-0.22561.6338-0.01620.6068-0.44320.29750.2534-0.2093-0.29960.19060.3139-0.39650.17040.8619-0.3435-0.14280.5070.07960.4151-2.6289-75.10041.1768
62.973-0.9108-3.05211.38620.29441.6552-0.03020.5965-0.13360.15620.14840.1180.4596-0.18830.04090.9182-0.4738-0.10420.5790.00530.362-10.1169-69.059131.9884
71.8855-0.4993-1.09470.07270.37212.8673-0.36580.47050.5497-0.12290.5614-0.14791.289-0.510.05431.0731-0.51650.11080.56670.06360.6064-21.4294-61.356352.9882
81.3673-1.2993-2.17641.04071.54393.1048-0.639-0.0142-0.5866-0.16180.12390.61640.10150.1670.23590.8227-0.2905-0.06970.74990.07650.59858.4716-62.041619.413
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 0:129)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 130:237)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 238:476)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 477:616)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 2:53)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 54:167)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 168:234)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 235:261)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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